Scenariusz – spotkanie 4 - Katedra i Zakład Epidemiologii

Katedra i Zakład Epidemiologii
Ul. Medyków 18, 40-752 Katowice
–
Wydział Lekarski w Katowicach
Śląski Uniwersytet Medyczny
–
Tel./Fax: (32) 2523734
E-mail: [email protected]
PRAKTYCZNE METODY STATYSTYCZNE W BADANIACH NAUKOWYCH
Studium Doktoranckie – Wydział Lekarski w Katowicach
Śląski Uniwersytet Medyczny – 2016/2017
Prof. dr hab. n. med. Jan E. Zejda
Katedra Epidemiologii - SUM
Dzień 4
Analiza regresji liniowej i logistycznej – modele proste i modele wielu zmiennych; iloraz szans,
interakcje w modelu. Generalny model liniowy. Analiza przeżywalności.
Kto regresją wielu zmiennych
Analizę danych wita
Temu stek wyników dennych
I recenzja smakowita
(JEZ)
 Bazy danych: „grupa1ab” ze zmiennymi:
ID – numer noworodka
Plec – płeć (1 = m, 2 = k)
Urodz – miejsce urodzenia (1 = klinika 2 = terenowy szpital)
Wiek – wiek płodowy (hbd)
Masa – masa ciała (g)
Apgar1 – skala Apgar: wynik oceny w 1 minucie (pkt)
Apgar5 – skala Apgar: wynik oceny w 5 minucie (pkt)
Apgar10 – skala Apgar: wynik oceny w 10 minucie (pkt)
Porod – rodzaj porodu (1 = siłami natury, 2 = cesarskie cięcie)
Crib – stan kliniczny w skali Crib (clinical risk index for babies w pkt)
Wodypl – czyste wody płodowe (1 = tak 2=nie)
Cechch – cechy chorioamnitis (1 = tak 2 =nie)
Steryd – sterydoprofilaktyka pneumopatii (1 =tak 2 =nie)
HR1 – tętno 1 (1 pomiar: ud/min)
HR2 – tętno 2 (2 pomiar: ud/min)
SatO2 – saturacja O2 (%)
Usgg1 – wynik pierwszego badania usg głowy (1- IVH I. 2- IVH II, 3- IVH III, 4- IVH IV, 5- brak IVH, 6- PVL, 7brak PVL, 8 – inne, 9 –IVH i PVL)
Usgg2 – wynik drugiego badania usg głowy (1- IVH I. 2- IVH II, 3- IVH III, 4- IVH IV, 5- brak IVH, 6- PVL, 7- brak
PVL, 8 – inne, 9 –IVH i PVL)
Echo1 – wynik pierwszej echokardiografii serca (1- PDA istotny hemodynamicznie, 2 – PDA nieistotny
hemodynamicznie, 3 – inne zmiany)
Echo2 – wynik drugiej echokardiografii serca (1- PDA istotny hemodynamicznie, 2 – PDA nieistotny
hemodynamicznie, 3 – inne zmiany)
Okul1 - wynik pierwszego badania okulistycznego (1- ROPI, 2- ROPII, 3- ROPIII, 4- ROPIV, 5- ROPV, 6- brak ROP,
7- inne zmiany)
Okul2 - wynik drugiego badania okulistycznego (1- ROPI, 2- ROPII, 3- ROPIII, 4- ROPIV, 5- ROPV, 6- brak ROP, 7inne zmiany)
PH – (wartość zmierzona)
PO2 - (wartość zmierzona)
PCO2 - (wartość zmierzona)
HCO3 - (wartość zmierzona)
BE - (wartość zmierzona)
Kreat – (wartość zmierzona)
CPK– (wartość zmierzona)
LDH– (wartość zmierzona)
CRP– (wartość zmierzona)
Aspat– (wartość zmierzona)
Alat– (wartość zmierzona)
intub – intubacja (0 vs 1)
odma (1 vs 2)
rozedma (1 vs 2)
dysplazja – dysplazja płuc (1 vs 2)
krwglowa – okrwawienie domózgowe (1 vs 2)
leukomal – leukomalacja w oun (1 vs 2)
nec – zespół nekrotycznego zapalenia jelit (1 vs 2)
rop – retiopatia (1 vs 2)
wypis – (1 – dziecko żywe przy wypisie, 2 – zgon)
doba – doba zgonu
uwaga: jeśli nie sprecyzowano inaczej 1 = tak, 2 = nie
 Procedury SAS:
Proc contents varnum, Proc univariate normal, Proc ttest, Proc npar1way wilcoxon, Proc freq/chisq, Proc anova, Proc
corr, Proc reg, Proc logistic, Proc robustreg, Proc glm, Proc lifetest, Proc phreg
ĆWICZENIE 3
(dotyczy zadań poznanych podczas dnia 1, 2 i 3, ale nie jest prostą kontynuacją Ćwiczenia 2)
„Czynniki kształtujące prężność tlenu w krwi włośniczkowej w badanej grupie noworodków”
W badanej grupie ……… noworodków oznaczono prężność tlenu w tętniczej krwi włośniczkowej
(pO2 w mmHg) u …………… dzieci, stwierdzając zróżnicowanie tej wartości. Średnia wartość pO2
wynosiła ……………… mmHg, przy zakresie ……………-…………….. mmHg i wartości środkowej
…………….. mmHg. Analiza rozkładu pO2 wykazała, że …….. odbiega on od rozkładu normalnego (p
…………………….). W związku z tym postanowiono zbadać, które z okoliczności chrakteryzujących stan
kliniczny w okresie okołoporodowym mogą mieć znaczenie w wytłumaczeniu obserwowanego
zróżnicowania.
Wśród czynników o potencjalnym znaczeniu dla poziomu pO2 uwzględniono płeć, masę ciała, wiek
płodowy, miejsce urodzenia i rodzaj porodu, wskaźnik crib, ocenę stanu w skali Apgar w 10-tej minucie,
charakter wód płodowych i cechy chorioamnitis oraz zastosowanie sterydoterapii.
W badanej grupie było …………… noworodków płci męskiej (……………%), średnia masa ciała
wynosiła ………… +/- ……………. g (zakres: ……………..-………………..), a średni wiek płodowy
wynosił ………… +/- ……………. HBD (zakres: ……………..-………………..). Tabela 1 przedstawia
rozkład analizowanych zmiennych jakościowych i półilościowych.
Tabela 1. Miejsce urodzenia i rodzaj porodu, wskaźnik crib, ocena stanu w skali Apgar w 10-tej minucie,
charakter wód płodowych i cechy chorioamnitis oraz zastosowanie sterydoterapii u badanych noworodków.
Zmienna
Wartość
Zmiennej
Miejsce
Klinika
urodzenia
Teren
Rodzaj
Naturalny
Porodu
Cięcie C.
Stan wg
0-1
Crib
2-6
Stan wg
0-4
Apgar10
5-10
Wody
Czyste
płodowe
Brudne
Liczba Badanych
N
%
Chorioamnitis Tak
Nie
Sterydoterapia
Wyniki analiz prostych obejmujących zmienne ilościowe oraz zmienne półilościowe wykazały
następujące wartości współczynników korelacji, dla par: pO2-Wiek: r = ………….., p = ……………., pO2Masa: r = ………….., p = …………….., pO2-Crib: r = ………….., p = ……………., pO2-Apgra10: r =
………….., p = ……………..
W przypadku zmiennych półilościowych przeprowadzono dodatkowo nieparametryczną analizę
metodą …………. , stwierdzając że poziom pO2 ………. zależy od wskaźnika Crib (p …………….) i
wskaźnika Apgar10 (p ……………………). Wyniki analiz prostych obejmujących zmienne jakościowe
przedstawione są w Tabeli 2.
Tabela 2. Poziom pO2 a miejsce urodzenia i rodzaj porodu, wskaźnik crib, ocena stanu w skali Apgar w 10tej minucie, charakter wód płodowych i cechy chorioamnitis oraz zastosowanie sterydoterapii u badanych
noworodków.
Zmienna
Wartość
Liczba
Zmiennej
Badanych
Statystyczna
pO2 (mmHg)
znamienność
różnicy
n
Miejsce
Klinika
urodzenia
Teren
Rodzaj
Naturalny
Porodu
Cięcie C.
Stan wg
0-1
Crib
2-6
Stan wg
0-4
Apgar10
5-10
Wody
Czyste
płodowe
Brudne
X
SD
p*
Chorioamnitis Tak
Nie
Sterydoterapia
Wyniki analiz prostych zweryfikowano stosując analizę wielu zmiennych przy pomocy regresji
liniowej, w której zmienną zależną była wartość pO2, a zmiennymi niezależnymi były wszystkie wyżej
wymienione zmienne. Analizę tę poprzedzono diagnostyką potencjalnego zniekształcenia modelu tzw.
zjawiskiem współliniowości. Jej wyniki wykazały, że współczynnik tolerancji wynoszący ponad 0,5
…………………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………….
Ostateczny model opisujący zależność pO2 od analizowanych czynników uzyskano stosując
automatyczną wsteczną selekcję zmiennych niezależnych w oparciu o kryterium statystycznej znamienności
‘p<0,1’. Wyniki analizy wykazały, że ostateczny model wyjaśnia zmienność w zakresie SatO2 na poziomie
współczynnika determinacji R2 = ………….., a statystycznie znamiennymi zmiennymi niezależnymi są
………………………..(p = ………………), ……………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………………
…………………
Ze względu na możliwość występowania w bazie danych wartości odległych („outliers” w zakresie
pO2) uzyskane wyniki analizy wielu zmiennych poddano weryfikacji przy użyciu procedury korygującej
potencjalne zniekształcenie. Wyniki tej analizy przedstawia Tabela 3.
Tabela 3. Zależność pO2 od analizowanych zmiennych niezależnych – wyniki analizy wielu zmiennych
(regresja liniowa) z korektą wpływu wartości odległych.
Zmienna Niezależna
Wartość Współczynnika
Regresji ‘b’
Płeć
Wiek
Masa ciała
Miejsce urodzenia
Rodzaj porodu
Stan wg Crib
Stan wg Apgar10
Wody płodowe
Chorioamnitis
Sterydoterapia
Wartość ‘p’
Ostatecznie, za rozstrzygające przyjęto wyniki analizy zapewniającej kontrolę zjawiska
współliniowości i w związku z tym wynikiem parametryzacji okazał się model:
pO2 =
przy współczynniku determinacji R2 = ………….
Dodatkowe analizy oszacowały możliwość interakcji zmiennych objaśniających. W modelu
przetestowano interakcję …………………………………………………………………………….
Uzyskane wyniki …………………………………………………………………………..
……………………………………………………………………………………………………….
Zadania bieżące (dzień 4):
Czynniki ryzyka zgonu noworodków o małej masie urodzeniowej:
Zgon = płeć + masa +wiek + miejsce porodu + rodzaj porodu + Apgar10 + crib + wody płodowe + sterydy
+ satO2+intubacja + krwawienie mózgowe + nec.
Czynniki kształtujące wymieralność/przeżywalność:
Rozkład dni zgonów
Zgon = płeć + masa +wiek + miejsce porodu + rodzaj porodu + Apgar10 + crib + wody płodowe + sterydy
+ satO2+intubacja + krwawienie mózgowe + nec.