Recenzja 2 - Uniwersytet Ekonomiczny w Krakowie

Recenzja 2 - Uniwersytet Ekonomiczny w Krakowie

Prof. dr hab. inż. Piotr Przybyłowski - prof. zw. AM
Katedra Towaroznawstwa i Zarządzania Jakością
Wydział Przedsiębiorczości i Towaroznawstwa
Akademia Morska w Gdyni
Ocena
dorobku naukowego, osiągnięcia naukowego i działalności dydaktyczno-organizacyjnej
dr. Tomasza Lecha
1. Ogólne dane o Habilitancie
Dr Tomasz Lech jest absolwentem Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu
Jagiellońskiego, gdzie w roku 2006 uzyskał tytuł zawodowy magistra biologii, wykonując
pracę magisterską pt. „Analiza histologiczna nerek, gonad męskich oraz płuc u samców myszy
z nokautem genu Trp53” pod promotorstwem prof. dr. hab. Józefa Styrna.
Stopień naukowy doktora nauk biologicznych uzyskał 21.06.2011 r. również na Wydziale
Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Jagiellońskiego na podstawie pracy doktorskiej pt.
„Wpływ genu Trp53 na jakość gamet męskich u samców myszy”, której promotorem był prof.
dr hab. Józef Styrn.
Pracę doktorską wykonał jako doktorant w Zakładzie Genetyki i Ewolucjonizmu na Wydziale
Biologii i Nauk o Ziemi na Uniwersytecie Jagiellońskim w latach 2006 – 2011.
Po uzyskaniu stopnia naukowego doktora nauk biologicznych podjął pracę jako biolog
w Zakładzie Neurobiologii Instytutu Farmakologii Polskiej Akademii Nauk w Krakowie.
Następnie został zatrudniony jako asystent
Katedrze Mikrobiologii na Wydziale
Towaroznawstwa Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie, gdzie od marca 2014 r. pracuje
jako adiunkt.
2. Ocena osiągnięcia naukowego
Osiągnięcie naukowe dr. Tomasza Lecha stanowi „Implementacja zaawansowanych
technik biologii molekularnej w
towaroznawczych badaniach obiektów dziedzictwa
kulturowego”, która została przedstawiona w następujących
publikacjach autorskich
i współautorskich Habilitanta:
1
Lech Tomasz, 2015, Molecular Biology Methods to Assess Microbiological Hazard
Concerning Objects of Cultural Heritage, British Microbiology Research Journal, 9 (6), 1-9.
(IF: 0; liczba punktów MNiSW: 9),
Lech Tomasz, Ziembinska-Buczynska Aleksandra, 2015, "Evaluation of a Modified
Sampling Method for Molecular Analysis of Air Microflora", Genetics and Molecular
Research, 14 (2), 3200-3208, doi: 10.4238/2015, (IF: 0.775; liczba punktów MNiSW: 15,
liczba punktów MNiSW wg udziału procentowego: 12),
Lech Tomasz, Ziembinska-Buczynska Aleksandra, Krupa Natalia, 2015, "Analysis of
Microflora Present on Historical Textiles with the Use of Molecular Techniques",
International Journal of Conservation Science, 6 (2), 137-144, (IF: 0; liczba punktów
MNiSW: 9; wg udziału procentowego 7,2),
Lech Tomasz, 2016, "Evaluation of a Parchment Document, the 13th Century Incorporation
Charter for the City of Krakow, Poland, for Microbial Hazards", Applied and Environmental
Microbiology 82 (9), 2620-2631, doi:10.1128/AEM.03851-15, (IF na rok 2015: 3,67; liczba
punktów MNiSW: 35),
Lech Tomasz, 2016, "Ancient DNA in historical parchments – identifying a procedure for
extraction and amplification of genetic material", Genetics and Molecular Research, 15 (2),
doi: 10.4238/gmr.15028661, (IF na rok 2015: 0.775; liczba punktów MNiSW: 15).
Celem osiągnięcia naukowego było wdrożenie wybranych zaawansowanych metod
biologii molekularnej do towaroznawczych badań na przykładzie identyfikacji zagrożeń
mikrobiologicznych obiektów dziedzictwa kulturowego. Osiągnięcie naukowe Habilitanta
stanowi opracowanie procedur analitycznych w aspekcie technicznym i technologicznym.
Prace badawcze zostały poprzedzone wnikliwą, krytyczną analizą literatury tematu.
W artykule pt. "Molecular Biology Methods to Assess Microbiological Hazard Concerning
Objects of Cultural Heritage" opublikowanym w British Microbiology Research Journal
Habilitant opisał metody biologii molekularnej, które mogłyby stanowić narzędzie badawcze
w
identyfikacji
zagrożenia
mikrobiologicznego
zbiorów
dziedzictwa
kulturowego.
Przedstawiono w nich wiedzę na temat nieinwazyjnych technik pobierania materiału
biologicznego, sposobów izolacji DNA, a także metod jego dalszej analizy. W artykule
można również znaleźć szczegółowe informacje na temat starterów DNA najczęściej
wykorzystywanych do identyfikacji zarówno bakterii, jak i grzybów. Zaprezentowane
2
w opracowaniu metody biologii molekularnej mogą być z powodzeniem wykorzystywane do
identyfikacji zagrożenia mikrobiologicznego zarówno bezcennych obiektów dziedzictwa
kulturowego, jak również współczesnych towarów użytkowych. Metody te mogą także być
wykorzystane w badaniach mikrobiologicznych środowiska magazynowania towarów.
Pierwszym etapem badań było wdrożenie technik molekularnych do analizy
mikrobiologicznej powietrza wewnętrznego pomieszczeń, w których przechowuje się zbiory
dziedzictwa kulturowego.
Możliwość szybkiej analizy mikrobiologicznej powietrza
umożliwia badanie środowiska przechowywanych zbiorów, a tym samym wstępną
identyfikację zagrożenia mikrobiologicznego. W tym celu Habilitant
zaproponował
zastosowanie metody PCR-DGGE (ang. polymerase chain reaction – denaturing gradient gel
electrophoresis), która jest oparta na reakcji łańcuchowej polimerazy w połączeniu
z elektroforezą w gradiencie czynnika denaturującego. Metoda ta pozwala na jakościowe
przedstawienie i porównanie struktury genotypowej zbiorowisk mikroorganizmów oraz
badanie ich złożoności. Na podstawie uzyskanych informacji, z wykorzystaniem dostępnych
baz danych, możliwe jest przeprowadzenie rodzajowej, a nawet gatunkowej identyfikacji
mikroorganizmów.
Implementacja tej metody została szczegółowo opisana w publikacji pt. "Evaluation of
a Modified Sampling Method for Molecular Analysis of Air Microflora", Genetics and
Molecular Research. W przeprowadzonych badaniach kluczowe było opracowanie metodyki
pobierania próbek powietrza do bezpośredniej izolacji DNA. Przeprowadzone badania
umożliwiły wykazanie zmian w czasie bioróżnorodności genotypów grzybowych w sali
wystawienniczej Muzeum Archeologicznego w Krakowie oraz w Archiwum Narodowym
w Krakowie. Zaproponowana metoda analizy powietrza z powodzeniem może być
wykorzystana w badaniach skażenia mikrobiologicznego środowiska magazynowania
towarów oraz być pomocna w ocenie ryzyka mikrobiologicznego. Umożliwia ona również
monitorowanie zmian w czasie różnorodności grzybów i bakterii w tych pomieszczeniach,
w celu wychwycenie ich krytycznego poziomu.
Kolejnym etapem badań, również związanym w implementacją metody PCR-DGGE
w badaniach obiektów dziedzictwa kulturowego, było wykorzystanie jej w analizie
bioróżnorodności mikroorganizmów obecnych na powierzchni historycznych tkanin
jedwabnych, co zostało zaprezentowane w artykule pt. "Analysis of Microflora Present on
Historical Textiles with the Use of Molecular Techniques", International Journal of
Conservation
Science.
Przedmiotem
badań
był
jeden
z
cenniejszych
obiektów
przechowywanych w zasobach parafii p.w. Wszystkich Świętych w Krakowie, tzn. orant
3
wykonany z włoskiej tkaniny jedwabnej z drugiej połowy XVI w. Celem badań była analiza
zmian bioróżnorodności mikroorganizmów obecnych na tkaninie historycznej przed i po
procesie konserwacji. Największą trudność w tych badaniach stanowiła bardzo mała ilość
materiału badawczego uzyskanego z odpłukania kilku pojedynczych nitek jedwabnych.
W wyniku przeprowadzonych badań uzyskano wzory prążków charakteryzujące jakościowo
mikroflorę badanego obiektu przed i po procesie konserwacji. Analiza wyników wykazała
zmiany bioróżnorodności, dokładniej wzrost liczby genotypów grzybowych na obiekcie po
procesie konserwacji. Dodatkowo w badaniach przeprowadzono identyfikację genotypu
dominującego, obecnego na tkaninie po procesie prania również z wykorzystaniem metod
molekularnych. Uzyskane informacje są cenne dla konserwatorów w celu zapewnienia
odpowiednich warunków dalszego przechowywania obiektu.
Należy podkreślić, że zaproponowana metodyka oraz sposób pobierania próbek umożliwił
przeprowadzenie analizy mikrobiologicznej cennego obiektu historycznego zaledwie na
podstawie materiału pobranego z kilku nitek, co dodatkowo podkreśla czułość i ogromne
możliwości metod biologii molekularnej w badaniach towarów. Wiedza na temat obecności
i preferencji życiowych konkretnych gatunków mikroorganizmów, może być wykorzystana
do dostosowania odpowiednich warunków magazynowania, w celu ograniczenia lub
eliminacji ich aktywności metabolicznej.
Pełne
badania
mikrobiologiczne
z
wykorzystaniem
szerokiej
gamy metod
genetycznych, wspartych analizami mikroskopii świetlnej, skaningowej mikroskopii
elektronowej, a także analizą bioluminescencji zaprezentowano w samodzielnym artykule
Habilitanta pt. "Evaluation of a Parchment Document, the 13th Century Incorporation Charter
for the City of Krakow, Poland, for Microbial Hazards", Applied and Environmental
Microbiology.
Przeprowadzone
badania
miały
na
celu
oszacowanie
zagrożenia
mikrobiologicznego jednego z najcenniejszych dokumentów pergaminowych w Polsce, tzn.
Aktu Lokacji Miasta Krakowa. Dokument ten został spisany łaciną w dniu 5 czerwca 1257
roku na grubym pergaminie i był sygnowany przez Księcia Bolesława Wstydliwego. W roku
2014 dokument został wpisany na Krajową Listę Programu UNESCO „Pamięć Świata”,
którego celem głównym jest podejmowanie działań służących ratowaniu, udostępnianiu oraz
zachowaniu światowego dziedzictwa dokumentacyjnego dla teraźniejszych i przyszłych
pokoleń.
Do badań tak cennego obiektu Habilitant wdrożył nieinwazyjne techniki pobierania
prób
mikrobiologicznych,
takie
jak
wymaz
sterylną
wymazówką,
próbkowanie
z wykorzystaniem taśmy FungiTape oraz samoistną kontaminację sterylnych fragmentów
4
pergaminu i papieru. W wyniku hodowli i izolacji czystych kultur otrzymano 27 izolatów
bakteryjnych i 15 izolatów grzybowych, które poddano identyfikacji genetycznej.
Identyfikację gatunkową pozyskanych izolatów prowadzono z zastosowaniem metodyki
biologii molekularnej. Również i w tym przypadku z sukcesem wykorzystano metodę PCRDGGE do zbadania poziomu bioróżnorodności grzybów obecnych na powierzchni
dokumentu.
Dzięki stworzeniu profilu DGGE możliwe było również oznaczenie niehodowalnego szczepu
z rodzaju Alternaria, co potwierdza zarówno skuteczność metody PCR-DGGE, ale także
możliwość jej wykorzystania do identyfikacji mikroorganizmów bez konieczności ich
hodowania, co też stanowi największą jej zaletę. Ważnym osiągnięciem przeprowadzonych
badań było również pozyskanie i identyfikacja mikroorganizmów nieizolowanych do tej pory
z dokumentów pergaminowych. W celu oszacowania zagrożenia mikrobiologicznego
badanego obiektu, nieodzowne było również zbadanie potencjału biodeterioracyjnego
pozyskanych szczepów mikroorganizmów. W związku z tym, iż akt lokacyjny wykonany jest
z pergaminu w badaniach skupiono się na sprawdzeniu aktywności proteolitycznej
pozyskanych mikroorganizmów.
W celu poznania otoczenia środowiska przechowywania badanego obiektu przeprowadzono
również analizę ilościową i jakościową powietrza wewnętrznego magazynu, w którym
dokument jest przechowywany. Do identyfikacji mikroorganizmów pozyskanych z powietrza
wewnętrznego wykorzystano metody biologii molekularnej w połączeniu z klasycznymi
metodami hodowlanymi.
Zaimplementowane przez Habilitanta, do badań towaroznawczych, metody biologii
molekularnej to metody i techniki nie tylko związane z badaniami mikrobiologicznymi.
Ważna część badań Habilitanta była poświęcona opracowaniu lub ulepszeniu metodologii
umożliwiającej pozyskanie i analizę kopalnego DNA (z ang. ancient DNA) z historycznych
dokumentów pergaminowych. Dzięki zastosowaniu zaawansowanych technik molekularnych
możliwa jest izolacja materiału genetycznego ze szczątków roślinnych i zwierzęcych sprzed
setek, a nawet tysięcy lat. Kopalne DNA izolowane może być z kości, zębów, włosów,
szczątków roślinnych, a nawet ze skamieniałych odchodów zwierzęcych. Jego analiza
umożliwia otrzymanie cennych informacji, między innymi na temat przynależności
gatunkowej badanych osobników, ich pochodzenia, ale także nawyków żywieniowych
i behawioralnych. Natomiast badanie kopalnego materiału genetycznego pozyskanego
z obiektów dziedzictwa kulturowego może być cennym źródłem informacji dotyczących ich
5
pochodzenia, technologii wykonania, może być również wykorzystane przy stwierdzaniu ich
autentyczności.
Największym problemem, jaki napotyka się przy badaniu kopalnego DNA (aDNA)
jest zarówno jego wysoki stopień degradacji, jak i najczęściej bardzo niewielkie jego ilości,
które można pozyskać do dalszych analiz. Dlatego odpowiednie przygotowanie próbek,
zastosowanie
odpowiedniej
metody
izolacji
materiału
genetycznego,
a
następnie
wykorzystanie czułych i specyficznych metod jego analizy jest kluczowe w powodzeniu
badań z wykorzystaniem aDNA.
W artykule pt. "Ancient DNA in historical parchments – identifying a procedure for
extraction and amplification of genetic material" Habilitant zaproponował procedurę
pozyskania i przygotowania kopalnego DNA z historycznych pergaminów do dalszych analiz.
Przeprowadzone badania obejmowały wytypowanie najbardziej efektywnej metody izolacji
aDNA z pergaminów, zwielokrotnienia całkowitego aDNA, a następnie weryfikację
możliwości wykorzystania uniwersalnych starterów DNA dla mitochondrialnych sekwencji
cytochromu b do identyfikacji gatunkowej zwierzęcia, z którego skóry pergamin był
wykonany. W wyniku przeprowadzonych analiz uzyskano informację o przynależności
gatunkowej zwierząt, których skóry wykorzystano do wytworzenia badanych pergaminów.
Przeprowadzone badania wykazały, iż zaproponowana metodyka pozyskiwania
i
przygotowania
kopalnego
DNA
z
historycznych
pergaminów
stanowi
dobre
i funkcjonalne narzędzie badawcze. Udowodniono, iż w analizach z wykorzystaniem
kopalnego DNA kluczowe jest zarówno zastosowanie odpowiedniej metody izolacji DNA,
jak i późniejsza jego całkowita amplifikacja.
Podsumowując osiągnięcie naukowe dr. Tomasza Lecha należy podkreślić,
że
opracował On bezinwazyjną metodę oceny dóbr kultury narodowej, która za pomocą
nowoczesnej analizy instrumentalnej pozwala ocenić ich pochodzenie, jakość oraz określić
warunki ich dalszego przetrwania. Osiągnięcie to oceniam bardzo wysoko.
3. Pozostałe osiągnięcia naukowo – badawcze
Należy podkreślić fakt, że droga rozwoju naukowego dr. Tomasza Lecha rozpoczęła się
już w ramach pracowni magisterskiej, gdzie miał możliwość rozpoczęcia ciekawych badań
w zakresie transformacji nowotworowych. W prowadzonych wtedy badaniach korzystał
z metod biologii molekularnej obejmujących izolację materiału genetycznego, amplifikację
wybranych sekwencji DNA z wykorzystaniem łańcuchowej reakcji polimerazy, elektroforezę
6
w żelu agarowym, a także techniki histologiczne takie jak utrwalanie mysich organów
wewnętrznych, przygotowanie preparatów mikroskopowych oraz ich analizę w mikroskopii
świetlnej. Po czwartym roku studiów magisterskich uzyskał już absolutorium, a wyniki
uzyskane w badaniach do pracy magisterskiej skłoniły Go do podjęcia dalszych badań
związanych z genem Trp53. Jeszcze przed uzyskaniem tytułu zawodowego magistra
rozpoczął planowanie i wstępne badania do pracy doktorskiej, której problematyka związana
była z dwoma najpoważniejszymi problemami zdrowotnymi współczesnego społeczeństwa,
a mianowicie chorobami nowotworowymi i problemem niepłodności. Głównym celem badań
było sprawdzenie wpływu nokautu genu Trp53 na płodność u samców myszy jak również
zbadanie czy duża mutacja w postaci delecji 2/3 długiego ramienia chromosomu Y
w połączeniu z nokautem genu Trp53, będzie mieć wpływ na budowę gonady męskiej oraz
wybrane parametry jakości nasienia.
W
trakcie
studiów
doktoranckich
odbył
czteromiesięczny
staż
naukowy
w renomowanym ośrodku Institute of Human Genetics, University Medical Center of
Göttingen, w Niemczech. Odbycie tego stażu pozwoliło Mu na dalsze ukierunkowanie
obszaru badawczego w ramach pracy doktorskiej oraz poszerzenie wachlarza metod z zakresu
immunologii i biologii molekularnej, między innymi takich jak izolacja DNA, RNA i białek,
Southern,
Northern
i
Western
blotting,
PCR
i
oczyszczanie
produktów
PCR,
sekwencjonowanie, cięcie enzymami restrykcyjnymi, klonowanie fragmentów DNA,
transformacje bakterii, a także prowadzenie hodowli komórkowych i transfekcje komórkowe.
Odbył także dwa staże zawodowe, tygodniowy staż w Laboratorium Kryminalistycznym
Komendy Wojewódzkiej Policji w Krakowie (pracownia hemogenetyki i pracownia chemii)
oraz trzymiesięczny staż w laboratorium embriologicznym Centrum Medycznego
Macierzyństwo w Krakowie. Podczas stażu w pracowni hemogenetyki Laboratorium
Kryminalistycznego miał okazję poznać najwyższe standardy pracy laboratoryjnej, sposoby
minimalizacji ryzyka kontaminacji próbek, jak również metody pracy z mikropróbkami
materiału genetycznego, co wykorzystuje w swojej pracy badawczej do dnia dzisiejszego.
Bardzo cennym doświadczeniem, zwłaszcza w aspekcie prowadzonych badań do pracy
doktorskiej, okazał się staż w laboratorium embriologicznym, gdzie miał Habilitant
możliwość poznania zaawansowanych technik oceny parametrów nasienia (ruchliwość,
żywotność, dojrzałość, fragmentacji chromatyny, morfologii) wspomaganych komputerowym
systemem CASA. W trakcie stażu samodzielnie wykonywałem analizy parametrów jakości
nasienia wg wytycznych Światowej Organizacji Zdrowia (WHO), a także zapoznałem się
z procedurą przeprowadzania badań poziomu hormonów we krwi. Podczas studiów
7
doktoranckich poszerzałem swój warsztat badawczy jak i wiedzę teoretyczną poprzez
uczestnictwo
w
licznych
konferencjach
o
zasięgu
zarówno
krajowym
jak
i międzynarodowym, a także w licznych szkoleniach. Natomiast uczestnictwo w kursach z
zakresu badania ekspresji genów z wykorzystaniem metody Real-Time PCR przyczyniło się
do zaplanowania i umożliwiło przeprowadzenie ostatniego etapu badań do pracy doktorskiej.
Podczas studiów doktoranckich byłem również wykonawcą dwóch projektów naukowych
finansowanych ze środków rezerw własnych Uniwersytetu Jagiellońskiego. W czerwcu 2011
roku złożyłem i obroniłem pracę doktorską pt. "Wpływ genu Trp53 na jakość gamet męskich
u samców mysz", która szeroko i wyczerpująco opisywała zagadnienie męskiej niepłodności
w aspekcie dwóch mutacji genetycznych tj. nokautu genu Trp53 i delecji w chromosomie Y.
Wyniki prowadzonych badań zostały zebrane i opublikowane w czasopiśmie z listy Journal
Citation Reports.
W roku 2009 podjął pracę naukowo-badawczą w Zakładzie Neurobiologii Instytutu
Farmakologii Polskiej Akademii Nauk. W tym okresie był wykonawcą dwóch projektów
naukowych finansowanych w ramach Polsko-Norweskiego Funduszu Badań Naukowych.
W projektach tych dr Tomasz Lech był odpowiedzialny za identyfikację związków
o potencjalnym pozytywnym lub negatywnym allosterycznym działaniu modulującym
receptory serotoninowe i glutamatergiczne za pomocą testu GTP, wykonywanie pomiarów
poziomu cyklicznego AMP (dla receptorów mGlu), wykonywanie pomiarów poziomu
Ca2+/IP3 (dla ligandów mGluR i 5-HT7), a także prowadzenie hodowli tkankowych, analizę
wyników oraz opracowywanie raportów. Wyniki badań prezentowane były na wielu
krajowych i międzynarodowych konferencjach naukowych, a także w artykule naukowym
opublikowanym w czasopiśmie z listy JCR. Podczas pracy w Instytucie Farmakologii
Habilitant miał również możliwość kontynuowania badań z zakresu problematyki męskiej
niepłodności, jednak w tym przypadku badania były prowadzone w aspekcie zaburzeń
depresyjnych, które dotykają coraz większą część społeczeństwa. Wyniki badań zostały
zaprezentowane między innymi na konferencji naukowej jak i opublikowane w czasopismach
z listy JCR. W 2011 roku odbył także szkolenie na Uniwersytecie w Walencji, podczas
którego doskonalił umiejętności pracy z komórkami rozrodczymi oraz opanowałem procedurę
ich zabezpieczania metodą witryfikacji.
W marcu 2012 roku dr Tomasz Lech rozpoczął pracę naukowo - badawczą
w Katedrze Mikrobiologii Wydziału Towaroznawstwa Uniwersytetu Ekonomicznego
w Krakowie. Jego pierwszym zadaniem było wdrożenie metod genetycznych do identyfikacji
gatunkowej mikroorganizmów. W latach 2012 - 2014 zorganizował od podstaw pracownię
8
biologii molekularnej, działającą obecnie w ramach Katedry Mikrobiologii UEK. Był
odpowiedzialny za dostosowanie powierzchni laboratoryjnej, wybór i zakup aparatury
naukowej, drobnego sprzętu laboratoryjnego, odczynników, a obecnie nadzoruje jej
funkcjonowanie. Kolejnym etapem było opracowanie i wdrożenie metodyki badań
umożliwiających prowadzenie oznaczeń genetycznych mikroorganizmów oraz prowadzenie
mikrobiologicznych
analiz
środowiskowych
z
wykorzystaniem
narzędzi
biologii
molekularnej. W ramach prowadzonego projektu badawczego dla młodych naukowców
finansowanego ze środków MNiSW, pt. "Wykorzystanie metod molekularnych do detekcji
grzybów" Habilitant opracował szybką i ekonomiczną metodę izolacji DNA z grzybów,
a
wyniki
badań
prowadzonych
w
ramach
projektu
zostały
opublikowane
w czasopiśmie z listy JCR. Również projekty naukowe: pt. "Opracowanie molekularnej
metody analizy mikrobiologicznej powietrza wewnętrznego” oraz "Opracowanie metodyki
pozyskiwania i analizy DNA z pergaminów w badaniach zabytkowych obiektów",
prowadzone w ramach badań dla młodych naukowców, pozwoliły na opracowanie
i wdrożenie nowych metod badawczych. Zaimplementowane przeze Habilitanta metody
biologii molekularnej do badań towaroznawczych prowadzonych w Katedrze Mikrobiologii
UEK jak i stworzona infrastruktura aparaturowa umożliwia prowadzenie badań na
światowym poziomie czego dowodem są prace badawcze opublikowane w wiodących
periodykach o międzynarodowym zasięgu. Możliwości analityczne wdrożonych metod
zostały w skróconej formie opisane w monografii pt. "Towaroznawstwo 2.0 w działaniu na
rzecz jakości innowacji".
Uważam,
że
szczególnym
osiągnięciem
naukowym
dr.
Tomasza
Lecha,
a jednocześnie dużym wyróżnieniem, było zaproszenie Jego osoby do "Zespołu ekspertów do
spraw określania badań, konserwacji zabezpieczającej oraz sposobu przechowywania
i prezentacji aktu lokacyjnego miasta Krakowa, przechowywanego w Archiwum Narodowym
w Krakowie". Dokument ten w 2014 roku został wpisany na Krajową Listę Programu
UNESCO „Pamięć Świata", którego celem głównym jest podejmowanie działań służących
ratowaniu, udostępnianiu oraz zachowaniu światowego dziedzictwa dokumentacyjnego dla
teraźniejszych i przyszłych pokoleń. W ramach prac Zespołu Habilitant przeprowadził pełną
analizę mikrobiologiczną dokumentu lokacyjnego miasta Krakowa, określając wytyczne do
dalszego jego przechowywania w aspekcie zagrożenia mikrobiologicznego. Wyniki
przeprowadzonych badań zostały opublikowane w czasopiśmie
wydawanym przez
prestiżowe Amerykańskie Towarzystwo Mikrobiologiczne i stanowią one część osiągnięcia
naukowego Habilitanta.
9
Wyjątkowym osiągnięciem badawczym w dorobku naukowym dr. Tomasza Lecha
jest rozwikłanie jednej z największych zagadek dotyczących Aktu lokacyjnego miasta
Krakowa. Dotyczyła ona oderwanej od aktu pieczęci Księcia Bolesława Wstydliwego, która
po blisko 500 latach została odnaleziona w zbiorach pieczęci luźnych Archiwum Narodowego
w Krakowie, jednak nie było pewności czy wcześniej była integralną częścią aktu
lokacyjnego. W przeprowadzonych badaniach, które miały na celu rozwikłanie tej zagadki,
Habilitant zastosował rekomendowane przez światowej klasy naukowców i specjalistów
metody oparte na analizie kopalnego DNA. W tym zakresie nawiązał współpracę
z jednostkami zagranicznymi między innymi z Uniwersytetem w Yorku (Wielka Brytania),
gdzie prowadzone były badania pilotażowe, a także odbył szereg konsultacji naukowych
z badaczami z takich ośrodków, jak: Uniwersytet Jana Gutenberga w Moguncji - Niemcy,
Trinity College Dublin – Irlandia, czy też Słowacka Akademia Nauk. Dużym sukcesem było
wyizolowanie funkcjonalnego DNA z pergaminu, który ma ponad 750 lat, następnie przy
wykorzystaniu sekwencji dla cytochromu b oraz specyficznych sekwencji dla bydlęcego
materiału genetycznego, Habilitant zidentyfikował gatunek zwierzęcia, z którego skóry był on
wykonany, co również do tej pory było zagadką dla konserwatorów badających ten obiekt.
Ostatecznie przeprowadził analizę polimorfizmu krótkich sekwencji tandemowych (ang.
Short Tandem Repetition - STR), która charakteryzuje się wysoką czułością oraz
dokładnością i jest wykorzystywana między innymi w badaniach rodzicielstwa, badaniach
śladów kryminalistycznych, a także przy śledzeniu rodowodów zwierząt. W tym wypadku
umożliwiła rozwikłanie tajemnicy przynależności odnalezionej pieczęci do aktu lokacji
miasta Krakowa. Przeprowadzona analiza wybranych markerów genetycznych wykazała, iż
odnaleziona pieczęć Bolesława Wstydliwego nigdy nie była integralna częścią dokumentu
lokacyjnego miasta Krakowa. Efekty tych badań zostały opisane w publikacji, która została
przyjęta do recenzji w wiodącym naukowym periodyku PLOS ONE (lista ministerialna część
A - 40 pkt, IF - 3,702).
Ważny kierunek badań Habilitanta stanowi analiza zagrożenia mikrobiologicznego
historycznych
tkanin,
zwłaszcza
jedwabnych
tkanin
liturgicznych.
Udział
w międzyuczelnianym projekcie naukowym w ramach Narodowego Programu Rozwoju
Humanistyki pt. "Wykonanie interdyscyplinarnej bazy danych dokumentującej jedwabne
tkaniny z zasobów kościelnych Krakowa z czasów od XV do końca XVII w. w oparciu o
inwentaryzację i digitalizację danych" umożliwił Habilitantowi postęp w dalszym rozwoju
naukowym w tym obszarze. W projekcie tym, jako kierownik zespołu mikrobiologów, miał
10
możliwość przebadania ponad 300 jedwabnych tkanin liturgicznych z okresu XV - XVII w.
w przechowywanych w zakrystiach i skarbcach wielu krakowskich kościołów.
Równie ważnym doświadczeniem dla Habilitanta w tym zakresie jest prowadzenie
badań mikrobiologicznych w zbiorach Królewskiej Katedry na Wawelu, gdzie samodzielnie
wykonuje analizy mikrobiologiczne w aspekcie zabezpieczania cennych obiektów
historycznych przed zagrożeniem mikrobiologicznym.
Bieżącym wyzwaniem w tym temacie stały się badania jednego z największych XV
wiecznych kobierców tureckich prowadzone w ramach projektu z Muzeum Narodowym
w Krakowie pt. "Kompleksowe badania mikrobiologiczne, genetyczne i chemiczne XVI w.
kobierca tureckiego z kościoła Bożego Ciała w Krakowie, ocena efektów czyszczenia
i konserwacji wykonanych w Muzeum Narodowym w Krakowie". W projekcie tym poza
analizą mikrobiologiczną obiektu, głównym zadaniem Habilitanta jest oznaczenie gatunku
zwierzęcia, z którego wełny został wykonany kobierzec. Do tego celu zamierza wykorzystać
opisane wcześniej analizy kopalnego DNA.
Kolejny obszar naukowych zainteresowań Habilitanta to zagadnienia związane
z Genetycznie Modyfikowanymi Organizmami, a szczególnie możliwości ich detekcji
w produktach spożywczych. W ramach zgłębiania tej tematyki dr Tomasz Lech napisał cykl
artykułów poświęconych między innymi polskim i europejskim regulacjom prawnym
dotyczącym wykorzystania GMO, prawom konsumenta do informacji i wolnego wyboru
pomiędzy
żywnością
konwencjonalną
i
genetycznie
modyfikowaną,
aspektowi
ekonomicznemu wykorzystania GMO, a także metodyce identyfikacji GMO w żywności.
W prowadzonych badaniach naukowych dr Tomasz Lech szeroko współpracuje
z krajowymi i zagranicznymi ośrodkami naukowymi oraz instytucjami kultury. Ważny wpływ
na rozwój naukowy Habilitanta miały odbyte przez Niego staże naukowe w kraju
(Politechnika Śląska i za granicą (Universita degli Studi di Milano, Mediolan, Włochy). Pobyt
w wyżej wymienionych ośrodkach naukowych umożliwił Mu poznanie kolejnych
zaawansowanych metod badawczych, które zamierza wdrożyć do badań towaroznawczych
prowadzonych w Katedrze Mikrobiologii UEK. Od początku zatrudnienia w Katedrze
Mikrobiologii UEK Habilitant bierze także aktywny udział we wszystkich projektach badań
statutowych.
Dorobek naukowo-badawczy dr. Tomasza Lecha obejmuje także autorstwo lub
współautorstwo 20 ekspertyz, wykonywanych zarówno na zamówienie innych ośrodków
naukowych, jak i przedstawicieli przemysłu.
przeprowadziłem
także
samodzielne
W
badania
ramach
o
ekspertyz
charakterze
Habilitant
wdrożeniowym
pt.
11
"Wykorzystanie materiału polietylenowego o dużej gęstości w profilaktyce przechowywania
tkanin historycznych", których celem było sprawdzenie możliwości zabezpieczania tkanin
historycznych i współczesnych w procesie ich magazynowania z wykorzystaniem
nowoczesnego materiału polietylenowego o dużej gęstości.
W ramach swojej pracy naukowej Habilitant wykonał recenzje artykułów naukowych
publikowanych w czasopismach z listy filadelfijskiej, listy ministerialnej (część B), a także
artykułów publikowanych jako rozdziały w monografiach.
Za indywidualne osiągnięcia naukowe w roku 2014/2015 dr Tomasz Lech otrzymał
nagrodę Rektora Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie.
Podsumowując, w dorobku naukowym Habilitanta można wyodrębnić cztery obszary
badawcze.
Pierwszy
obszar
badania
obejmuje
mające
na
celu
implementację
i wykorzystanie technik biologii molekularnej w identyfikacji zagrożenia mikrobiologicznego
obiektów dziedzictwa kulturowego. Drugi obszar badawczy dotyczy głównie badań
mikrobiologicznych towarów współczesnych w aspekcie ich zagrożenia procesem
biodeterioracji, jak i badania właściwości przeciwbakteryjnych i przeciwgrzybowych
nowoczesnych
materiałów.
Obszar
ten
obejmuje
także
mikrobiologiczne
badania
środowiskowe związane z magazynowaniem towarów, jak również badania środowisk
pomieszczeń
użyteczności
publicznej
w
kontekście
bezpieczeństwa
zdrowotnego
pracowników i osób w nich przebywających. Trzeci obszar zainteresowań naukowych
związany jest z problematyką Organizmów Genetycznie Modyfikowanych, a w szczególności
z
możliwościami ich detekcji w żywności, obejmuje również ekonomiczne i prawne
uwarunkowania ich wykorzystania w przemyśle. Na czwarty obszar badawczy składają się
badania naukowe prowadzone w trakcie studiów doktoranckich i krótko po nich. Związany
jest on z wykorzystaniem metod z zakresu biologii molekularnej i inżynierii genetycznej do
tworzenia modeli zwierzęcych, umożliwiających poszukiwanie przyczyn, jak i sposobów
leczenia chorób nękających społeczeństwo, tj. chorób nowotworowych, zaburzeń płodności
oraz zaburzeń psychicznych.
Należy podkreślić, że już przed uzyskaniem stopnia naukowego doktora Habilitant
opublikował wyniki swoich badań w czasopiśmie indeksowanym w bazie JCR o IF =1,921.
Po uzyskaniu stopnia naukowego doktora Habilitant opublikował wyniki swoich badań
w 7 artykułach, które zostały zamieszczone w czasopismach indeksowanych w bazie JCR
o łącznej wartości IF = 13,778. Wartość naukowa tych prac według klasyfikacji MNiSW
wynosi 160 pkt., w tym udział Habilitanta to 87,5 pkt. Całościowy dorobek naukowy
12
dr. T. Lecha wynosi 65 pozycji o łącznej wartości IF = 15,699. Wartość naukowa tych prac
według klasyfikacji MNiSW wynosi 252 pkt., w tym udział Habilitanta to 152,1 pkt.
Liczba cytowań wg Web of Science wynosi 30 (bez autocytowań 28) a Indeks H wg Web of
Science 2, natomiast liczba cytowań wg Google Scholar wynosi 41 (bez autocytowań 31)
a Indeks H wg Google Scholar 3. Dorobek naukowyHabilitanta , biorąc pod uwagę również
dość krótki czas, jaki upłynął od uzyskania stopnia doktora, oceniam wysoko.
4. Ocena działalności dydaktycznej i organizacyjnej
W ramach zadań dydaktycznych dr Tomasz Lech był odpowiedzialny za prowadzenie
zajęć laboratoryjnych z takich przedmiotów, jak: Genetyka ogólna i Genetyka zwierząt na
kierunku Biologia, na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Natomiast na kierunkach Towaroznawstwo, Zarządzanie i Inżynieria Produkcji na Wydziale
Towaroznawstwa Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie dr Tomasz Lech prowadzi
wykłady i ćwiczenia z następujących przedmiotów: Mikrobiologia, Biotechnologia,
Zagrożenia mikrobiologiczne w przemyśle, Mikrobiologia produktów, Wybrane aspekty
GMO.
Dr Tomasz Lech opracował również autorskie treści programowe dla kursów
"Wybrane aspekty GMO" oraz "Biotechnologia". W latach 2014/2015 był opiekunem
naukowym pięciu prac inżynierskich na kierunku Towaroznawstwo, realizowanych
w Katedrze Mikrobiologii UEK, a także recenzentem trzech prac inżynierskich realizowanych
na kierunku Towaroznawstwo. Od 2014 roku prowadzi autorski kurs na Wydziale Chemii
Uniwersytetu Jagiellońskiego z zakresu "Metody biologii molekularnej w ocenie zagrożenia
mikrobiologicznego obiektów dziedzictwa kulturowego" w ramach studiów podyplomowych
Nowoczesne techniki analityczne dla konserwacji obiektów zabytkowych”. Dr Tomasz Lech
wygłosił także wykłady gościnne w Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie oraz na
Uniwersytecie w Mediolanie we Włoszech.
Za swoją pracę dydaktyczną został dwukrotnie nagrodzony Nagrodą Rektora Uniwersytetu
Ekonomicznego w Krakowie za indywidualne osiągnięcia dydaktyczne w kategorii
nauczyciel najlepiej oceniany przez studentów.
Dr Tomasz Lech posiada również osiągnięcia organizacyjne. W latach 2006 - 2011 był
zaangażowany w działalność organizacyjną Zakładu Genetyki i Ewolucjonizmu Uniwersytetu
13
Jagiellońskiego w Krakowie. Brał także aktywny udział w organizacji Festiwalu Nauki
w Krakowie.
Z kolei w latach 2009 - 2013 jako pracownik Zakładu Neurobiologii uczestniczył
w działalności organizacyjnej samego Zakładu jak i Instytutu Farmakologii PAN. W tym
czasie był
odpowiedzialny za
transgenicznych
Zakładu
reorganizację i
Neurobiologii.
funkcjonowanie
Dużym
hodowli
wyzwaniem
zwierząt
organizacyjnym,
w którym aktywnie uczestniczył, była adaptacja pomieszczeń i ponowne uruchomienie
pracowni laboratoryjnych po gruntownym remoncie budynku Instytutu.
Od 2012 roku dr Tomasz Lech jest zaangażowany w działalność organizacyjną
Katedry Mikrobiologii oraz Wydziału Towaroznawstwa Uniwersytetu Ekonomicznego
w Krakowie. Od tamtego czasu zorganizował od podstaw pracownię biologii molekularnej,
której pracę nadal koordynuje. Brał także czynny udział w promowaniu Wydziału
Towaroznawstwa w Dniach otwartych Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie. W 2014
roku był także członkiem Komitetu Organizacyjnego Międzynarodowej Konferencji "19th
IGWT Symposium Commodity Science in Research and Practice - Current Achievements and
Future Challenges". W roku 2016 został wyróżniony przez młodych pracowników
naukowych, którzy wybrali Go na swojego przedstawiciela do Rady Wydziału
Towaroznawstwa na lata 2016-2020, jak również na członka Kolegium Elektorów
w wyborach Rektora i Prorektorów UEK.
5. Podsumowanie - wniosek końcowy
Biorąc pod uwagę wartość merytoryczną monografii oraz całokształt dorobku
naukowego Habilitanta stwierdzam, że kryteria do uzyskania stopnia naukowego doktora
habilitowanego w dziedzinie nauk ekonomicznych w dyscyplinie towaroznawstwo zostały
w pełni spełnione.
Osiągnięcie
naukowe
dr.
Tomasza
Lecha,
które
stanowi
„Implementacja
zaawansowanych technik biologii molekularnej w towaroznawczych badaniach obiektów
dziedzictwa kulturowego”, wnosi istotne nowe elementy wiedzy do dyscypliny naukowej
towaroznawstwo. Osiągnięcie to wpisuje się w obszary wiedzy tworzące tzw. „simpleks
towaroznawczy”. W swoich badaniach Habilitant wykorzystał metody badawcze głównie
z obszaru
nauk przyrodniczych, jednak implementacja metod biologii molekularnej
wymagała zastosowania zaawansowanych rozwiązań technicznych w postaci specyficznej
aparatury naukowej, co z kolei ma związek z wiedzą z zakresu nauk technicznych. Natomiast
społeczny aspekt prowadzonych badań przez Habilitanta, dotyczących tak wyjątkowych
14
dóbr, jakimi są bezcenne obiekty dziedzictwa kulturowego, pozwala te badania umieścić w
obszarze nauk społecznych. Niejednokrotnie ze względu na swoją unikatowość ich wartość
ekonomiczna jest trudna do oszacowania i nie do przecenienia. Zabezpieczenie elementów
materialnych/zbiorów
przed
ich
zniszczeniem
przez
mikroorganizmy
w
procesie
biodeterioracji to niekwestionowany aspekt ekonomiczny tych badań.
Pozytywnie oceniam również wyniki pracy dydaktyczno – organizacyjnej dr. Tomasza
Lecha.
W
Osiągnął
świetle
On
powyższego
o nadanie Mu
odpowiednią
stwierdzam,
dojrzałość
że
jako
ubieganie
nauczyciel
się
dr.
akademicki.
Tomasza
Lecha
stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk ekonomicznych
w dyscyplinie towaroznawstwo jest uzasadnione.
Gdynia, 10. 10. 2016
Prof. dr hab. inż. Piotr Przybyłowski
15