Ontologia genów (GO)

Ontologia genów (GO)
NeXO (Network-eXtracted Ontology)
Treść prezentacji:







1. Co to jest „ontologia”?
2. GO – biblioteka genów
3. Działanie GO
4. Dlaczego jest nieefektywna?
5. NeXO
6. Dr Janusz Dutkowski
7. Bibliografia
Ontologia

inaczej metafizyka; dział filozofii zajmujący się badaniem
rzeczywistości oraz miejscem bytu (istoty) w tej
rzeczywistości.
dominujące i recesywne
KUMULATYWNE
plejotropowe
subletalne lub letalne
Geny
DOPEŁNIAJĄCE
Gene Ontology

-
-
GO
Projekt bioinformatyczny - „biblioteka” genów
Zawiera całą dotychczasową wiedzę o genach
Tworzona przez grupę biologów-ekspertów
Zawiera trzy domeny: element komórkowy (CC), proces
biologiczny (BP) i funkcję molekularną (MF)
Zawiera 34765 haseł i 64635 hierarchicznych zależności
opisujących geny z ponad 80 gatunków
Wady GO




Subiektywizm
Naciski, presja
Żmudna i długotrwała praca
Ogranicza się do wiedzy już opublikowanej
NeXO



Algorytmy – szybkie i efektywne przeszukiwanie zbiorów
danych.
Mapa interakcji genów – pokazuje więcej elementów i
zależności biologicznych niż GO
Ciekawostka: system pokazuje „nieznane” połączenia
między genami
Zastosowanie NeXO



Poznanie mechanizmów nowotworzenia
Terapie indywidualne
Leki celowane
Dr Janusz Dutkowski
Dziękuję za uwagę
Justyna Gruca
Bibliografia




1.
http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n1/pdf/nbt.2463.p
df
2. http://www.nexontology.org/#undefined
3. http://chianti.ucsd.edu/~janusz/index.html
4.
http://www.polityka.pl/nauka/zdrowie/1535205,1,bioinfor
matyka---klucz-do-zrozumienia-chorob.read