2016_Karta modulu_Diagnostyka Mikrobiologiczna dla Analityki
Transkrypt
2016_Karta modulu_Diagnostyka Mikrobiologiczna dla Analityki
Karta modułu/przedmiotu Informacje ogólne o module/przedmiocie 2. Poziom kształcenia: jednolite studia magisterskie 1. Kierunek studiów: analityka medyczna 3. Forma studiów: stacjonarne 4. Rok: III 5. Semestr: V i VI 6. Nazwa modułu/przedmiotu: diagnostyka mikrobiologiczna 7. Status modułu/przedmiotu: obowiązkowy 8. Jednostka realizująca moduł/przedmiot: Katedra i Zakład Mikrobiologii i Wirusologii 9. Prowadzący moduł/przedmiot (imię, nazwisko, adres e-mail): dr hab. n. med. Tomasz J. Wąsik, prof. nadzw. SUM; [email protected] 10. Cel kształcenia: Poznanie etiologii chorób zakaźnych. Zdobycie wiedzy teoretycznej i umiejętności praktycznych niezbędnych do prowadzenia diagnostyki laboratoryjnej zmierzającej do wykrycia i identyfikacji zakażeń wirusowych, bakteryjnych i grzybiczych. Analiza i interpretacja uzyskanych wyników badań, w tym badań dotyczących antybiotyko- i chemioterapii oraz mechanizmów oporności drobnoustrojów. Wyciągnięcie wniosków natury epidemiologicznej w placówkach ochrony zdrowia, opartych na analizie zakażeń szpitalnych i monitorowaniu patogenów alarmowych. 11. Wymagania wstępne w zakresie wiedzy, umiejętności i innych kompetencji: znajomość organizacji materii ożywionej; znajomość podstawowych procesów metabolicznych komórki; znajomość podstawowych pojęć i metod serologicznych, umiejętność zasad mikroskopowania, umiejętność posługiwania się drobnym sprzętem laboratoryjnym 12. Efekty kształcenia Odniesienie Odniesienie do Numer do efektów Efekty kształcenia efektów efektu kształcenia Student, który zaliczył moduł/przedmiot: kształcenia dla kształcenia dla obszaru programu 01 Zna morfologię, fizjologię, metabolizm, genetykę, K_W30 M2_W01 02 03 04 mechanizmy chorobotwórczości oraz ogólne zasady nowoczesnej taksonomii wirusów bakterii oraz grzybów. Zna zasady diagnostyki poszczególnych rodzajów drobnoustrojów oraz umie dobrać odpowiednie podłoża i metody diagnostyczne do ich identyfikacji gatunkowej Zna rodzaje i charakterystykę poszczególnych materiałów klinicznych do badań mikrobiologicznych, szczegółowe zasady i metodykę ich pobierania, przesyłania i przechowywania oraz potrafi przeszkolić pacjenta, pielęgniarkę lub lekarza w jaki sposób właściwie pobrać materiał do badań mikrobiologicznych Umie zaplanować, wykonać i zinterpretować badania z zastosowaniem diagnostyki wirusologicznej, bakteriologicznej i mykologicznej z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, K_W31 K_W31 K_U25 M2_W03 M2_W09 M2_W10 M2_W03 M2_W05 M2_W07 M2_W09 M2_W10 M2_W03 M2_W05 M2_W07 M2_W09 M2_W10 M2_U02 M2_U05 M2_U07 M2_U08 05 06 biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych Zna metody oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki oraz metody wykrywania mechanizmów oporności drobnoustrojów stosowane w badaniach diagnostycznych. Umie je odpowiednio dobierać, zastosować i zinterpretować uzyskane wyniki Posługuje się umiejętnie normami prawnymi polskimi i europejskimi, wytycznymi i rekomendacjami KORLD oraz EUCAST wymaganymi w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej K_W32 M2_W05 M2_W07 M2_W09 M2_W10 K_U26 M2_U04 M2_U05 M2_U07 M2_U08 13. Formy zajęć w odniesieniu do efektów kształcenia Forma zajęć dydaktycznych Numer efektu ćwiczenia ćwiczenia kształcenia inne wykład seminarium laboratoryjne praktyczne 01 X X 02 X X 03 X X 04 X X 05 X X 06 X X 14. Treści programowe 14.1. Forma zajęć: Wykłady W1 Czynniki ryzyka chorób zakaźnych W2 Klasyfikacja, budowa i znaczenie bakterii W3 Przemiany metaboliczne bakterii W4 Genetyka bakterii W5 Komensala i pasożytnicza mikroflora człowieka W6 Mechanizmy patogenezy chorób bakteryjnych W7 Diagnostyka molekularna zakażeń bakteryjnych W8 Wirusy jako komórkowe patogeny obligatoryjne, budowa i klasyfikacja W9 Mechanizmy patogenezy chorób wirusowych W10 Epidemiologia zakażeń wirusowych Wykorzystanie reakcji czynnej i biernej odpowiedzi przeciwzakaźnej w W11 diagnostyce mikrobiologicznej W12 Czynna i bierna profilaktyka chorób zakaźnych Diagnostyka efektywności antybiotyko- i chemioterapii chorób W13 zakaźnych W14 Mechanizmy lekooporności bakterii i wirusów W15 Wykrywanie lekooporności bakterii i wirusów Łącznie 14.2. Forma zajęć: ćwiczenia praktyczne Organizacja pracowni mikrobiologicznej. Sterylizacja i dezynfekcja. Pojęcia: sterylizacja, sanityzacja, dezynfekcja, aseptyka, antyseptyka, skażenie, zakażenie. Metody sterylizacji i C1 urządzenia sterylizujące. Dobór metod sterylizacji w zależności od wyjaławianego materiału. Metody kontroli urządzeń sterylizujących. Zasady kontroli jałowości materiałów wyjaławianych. Zasady e-learning Liczba godzin 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 30 8 C2 C3 C4 C5 C6 C7 C8 C9 C10 C11 funkcjonowania centralnej sterylizatorni. Środki dezynfekcyjne – podział, przykłady. Mechanizm i zakres działania środków dezynfekujących. Dezynfekcja skóry i tkanek. Higiena rąk, środki ochrony osobistej. Odpady medyczne. Budowa komórki bakteryjnej i metody barwienia komórek bakteryjnych. Budowa i funkcja ściany komórkowej bakterii gramdodatnich i gramujemnych. Budowa i funkcje tworów wewnętrznych komórki bakteryjnej. Otoczki, rzęski, fimbrie i przetrwalniki bakteryjne. Proste i złożone metody wybarwiania komórek bakteryjnych. Zasady mikroskopowania i morfologia bakterii. Rodzaje mikroskopów, zasada ich działania, zastosowanie. Wielkość bakterii, grzybów, krwinek, wirusów. Kształty bakterii i ich układy przestrzenne. Fizjologia i zasady hodowli drobnoustrojów. Rodzaje pożywek i ich zastosowanie. Wymogi stawiane pożywkom bakteriologicznym. Pojęcie hodowli i kolonii bakteryjnej. Hodowla czysta i mieszana. Techniki posiewów bakteriologicznych. Typy wzrostu na pożywkach, jako cecha różnicująca. Zasady diagnostyki bakteriologicznej. Rodzaje materiałów pobieranych do badań bakteriologicznych. Zasady pobierania i przesyłania materiałów do badań. Tok badania bakteriologicznego z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych i określania lekowrażliwości Antybiotyki i chemioterapeutyki – podział na grupy, mechanizmy, sposób i spektrum działania. Mechanizmy bakteryjnej oporności na antybiotyki i chemiotrapeutyki. Terapia empiryczna. Pojęcia MIC, MBC. Badanie lekowrażliwości drobnoustrojów - metody jakościowe i ilościowe (krążkowo–dyfuzyjna, kolejnych rozcieńczeń w bulionie lub podłożu stałym, E-testów, automatyczne, molekularne). Rodzaje: Staphylococcus, Micrococcus – systematyka. Występowanie, morfologia, fizjologia i podział gronkowców. Wymagania wzrostowe i podłoża różnicujące. Czynniki odpowiedzialne za chorobotwórczość gronkowców (enzymy i toksyny). Chorobotwórczość gronkowców i jej uwarunkowania, nosicielstwo. Gronkowcowe zatrucia pokarmowe. Profilaktyka i zasady leczenia schorzeń gronkowcowych. Zasady diagnostyki gronkowców. Rodzaje: Streptococcus, Enterococcus – systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia paciorkowców. Wymagania wzrostowe i podłoża różnicujące. Zasady diagnostyki bakteriologicznej i serologicznej. Odczyn Dicków, próba Schultza-Charltona, ASO i ich interpretacja. Cechy warunkujące chorobotwórczość paciorkowców. Schorzenia wywoływane przez paciorkowcowe, powikłania, leczenie i profilaktyka. Rodzaje: Treponema, Borrelia, Leptospira. - systematyka Występowanie, morfologia i fizjologia bakterii należących do w/w rodzajów. Gatunki patogenne, schorzenia, profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna. Diagnostyka serologiczna kiły: odczyny klasyczne (VDRL, USR), nowoczesne swoiste (odczyn immobilizacji NelsonaMayera), odczyny immunofluorescencyjne (FTA, FTA-ABS), odczyn OWD. Rodzaj: Neisseria, Moraxella – systematyka. Występowanie, morfologia 6 4 6 2 4 4 2 2 1 2 C12 C13 C14 C15 C16 C17 C18 C19 C20 C21 C22 i fizjologia. Schorzenia, diagnostyka, leczenie i profilaktyka. Rodzaj: Helicobacter i Campylobacter – systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia. Schorzenia, diagnostyka, leczenie i profilaktyka. Grzyby (Candida, Cryptococcus, Trichophyton, Epidermophyton, Aspergillus, Penicillium, Mucor, Geotrichum, Fusarium, Cladosporium, Alternaria,) promieniowce (Actinomyces i Nocardia) - systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia w/w drobnoustrojów. Chorobotwórczość (grzybice powierzchniowe i głębokie) i schorzenia. Diagnostyka mikrobiologiczna i serologiczna, leczenie i profilaktyka. Rodzaj Mycobacterium - systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia prątków. Chorobotwórczość, leczenie i profilaktyka przeciwgruźlicza. Diagnostyka mikrobiologiczna prątków. Rodzaje: Corynebacterium, Listeria, Erysipelothrix Lactobacillus – systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia. Chorobotwórczość i profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna i serologiczna (próba Eleka, odczyn Schicka). Probiotyki – otrzymywanie i zastosowanie. Laseczki tlenowe i beztlenowe (rodzaje: Bacillus, Clostridium,). Występowanie, morfologia i fizjologia. Schorzenia wywoływane przez laseczki tlenowe i beztlenowe. Charakterystyka produkowanych przez nie egzotoksyn. Diagnostyka bakteriologiczna i serologiczna schorzeń wywoływanych przez laseczki tlenowe i beztlenowe. Wykorzystanie anatoksyn w profilaktyce i leczeniu schorzeń wywołanych przez laseczki. Pałeczki gramujemne z rodziny Enterobacteriaceae - rodzaje: Escherichia, Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Salmonella, Shigella. systematyka. Systematyka, występowanie, morfologia i fizjologia. Chorobotwórczość, leczenie i profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna i serologiczna, szczepy ESBL. Pałeczki gramujemne niefermentujące: Pseudomonas, Stenotrophomonas, Acinetobacter – systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia. Chorobotwórczość, leczenie i profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna. Pałeczki auksotroficzne – Haemophilus, Brucella, Legionella – systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia. Chorobotwórczość, leczenie i profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna Badanie aktywności preparatów bakteriobójczych i bakteriostatycznych metodą seryjnych rozcieńczeń i studzienkową. Szczepionki, surowice odpornościowe i diagnostyczne - sposoby ich pozyskiwania, podziały i zastosowanie. Kalendarz szczepień. Zakażenia układu moczowego. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia zakażeń cewki, pęcherza moczowego i miedniczek nerkowych. Badanie bakteriologiczne moczu (ilościowe i jakościowe). Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zakażenia skóry i tkanek miękkich. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie bakteriologiczne ropy. Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zapalenie opon mózgowo–rdzeniowych i mózgu. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie mikrobiologiczne płynu mózgowo–rdzeniowego. Bakteriemia i posocznica. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie bakteriologiczne krwi. Interpretacja wyników 6 1 2 2 4 2 4 6 6 6 6 badań mikrobiologicznych. Zakażenia przewodu pokarmowego. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie bakteriologiczne kału. Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zakażenia górnych dróg oddechowych. Patogeneza, symptomatologia epidemiologia. Badanie bakteriologiczne wymazów z gardła i/lub nosa. Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zakażenia dolnych dróg oddechowych. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie bakteriologiczne plwociny. Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zakażenia szpitalne i dochodzenie epidemiologiczne. Badanie czystości mikrobiologicznej powietrza, powierzchni płaskich i sprzętu, rąk. Badanie zjawiska nosicielstwa. C23 C24 C25 C26 6 6 6 16 Łącznie 120 Łączna liczba godzin z przedmiotu 150 15. Metody kształcenia 15.1. Wykład Wykład informacyjny, wykład problemowy 15.2. Ćwiczenia praktyczne Ćwiczenia przedmiotowe, objaśnienie, pokaz, pokaz z użyciem komputera, praca z książką 16. Sposoby weryfikacji efektów kształcenia i sposoby oceny Numer efektu kształcenia 01 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami , ocena pracy studenta na ćwiczeniach, egzamin praktyczny Warunki zaliczenia 60% poprawnych odpowiedzi 02 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami , ocena 60% poprawnych odpowiedzi pracy studenta na ćwiczeniach, egzamin praktyczny 03 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami , ocena 60% poprawnych odpowiedzi pracy studenta na ćwiczeniach, egzamin praktyczny 04 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami , ocena 60% poprawnych odpowiedzi pracy studenta na ćwiczeniach, egzamin praktyczny 05 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami , ocena 60% poprawnych odpowiedzi pracy studenta na ćwiczeniach, egzamin praktyczny 06 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami , ocena 60% poprawnych odpowiedzi pracy studenta na ćwiczeniach, egzamin praktyczny 17. Obciążenie pracą studenta Forma aktywności Przeciętna liczba godzin na zrealizowanie aktywności udział w wykładach 30 udział w ćwiczeniach 120 Godziny kontaktowe z nauczycielem akademickim: Samodzielna praca studenta łącznie przygotowanie do ćwiczeń przygotowanie do repetytoriów Przygotowanie do egzaminu praktycznego Przygotowanie do egzaminu teoretycznego 150 52 8 20 20 łącznie 100 Łącznie 250 Sumaryczna liczba punktów ECTS dla przedmiotu 10 18. Sumaryczne wskaźniki charakteryzujące przedmiot Liczba punktów ECTS, którą student uzyskuje na zajęciach wymagających 6 bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich Liczba punktów ECTS, którą student uzyskuje w ramach zajęć o charakterze 4 praktycznym 19. Literatura 19.1. Podstawowa 1. Heczko PB., Wróblewska M., Pietrzyk A. Mikrobiologia Lekarska, Wyd. Lek. PZWL, Warszawa 2014. ISBN – 978-83-200-4308-2 2. Szewczyk E. Diagnostyka bakteriologiczna. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa 2013. ISBN- 978-83-01-16060-9 19.2. Uzupełniająca 1. Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA.: Mikrobiologia. Elsevier Urban & Partner Wrocław 2011, 2. Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M.: Mikrobiologia lekarska, Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa 2007; 3. Gladwin M., Trattler B.: Mikrobiologia kliniczna, D.W. Publishing Co., Cleveland, USA 2010. 4. Virella G.: Mikrobiologia i choroby zakaźne, Urban & Partner, Wrocław; 2000 5. Przondo-Mordarska A.: Podstawowe procedury laboratoryjne w bakteriologii klinicznej, Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa, 2003. 20. Inne przydatne informacje o module/przedmiocie 20.1. Liczebność grup 10 osób 20.2. Materiały do zajęć podręczniki, zeszyt gładki, ołówek, gumka, kredki 20.3. Miejsce odbywania się zajęć Katedra i Zakład Mikrobiologii i Wirusologii Wydziału Farmaceutycznego z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach, 41-200 Sosnowiec, ul. Jagiellońska 4 pok. 212 20.4. Miejsce i godzina konsultacji Katedra i Zakład Mikrobiologii i Wirusologii Wydziału Farmaceutycznego z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej w Sosnowcu Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach, 41-200 Sosnowiec, ul. Jagiellońska 4; Poniedziałek , 12.00-14.00 20.5. Inne studenci nie przynoszą na zajęcie fartucha 21. Formy oceny – szczegóły Efekt Na ocenę 2 Nie spełnia wymagań 01 stawianych przy ocenie dostatecznej Na ocenę 3 Zna podstawy morfologii, fizjologii, metabolizmu, genetyki, mechanizmów chorobotwórczości oraz ogólnych zasad nowoczesnej Na ocenę 4 Na ocenę 5 Zna podstawy oraz potrafi omówić pojęcia z zakresu morfologii, fizjologii, metabolizmu, genetyki, mechanizmów chorobotwórczości Zna podstawy oraz potrafi omówić szczegółowo i pojęcia z zakresu morfologii, fizjologii, metabolizmu, genetyki, mechanizmów taksonomii wirusów bakterii oraz grzybów. oraz ogólnych zasad nowoczesnej taksonomii wirusów bakterii oraz grzybów. 02 Nie spełnia wymagań stawianych przy ocenie dostatecznej Zna podstawowe zasad diagnostyki poszczególnych rodzajów drobnoustrojów oraz umie dobrać odpowiednie podłoża i metody diagnostyczne do ich identyfikacji gatunkowej Zna i potrafi wyjaśnić zasady diagnostyki poszczególnych rodzajów drobnoustrojów oraz umie dobrać odpowiednie podłoża i metody diagnostyczne do ich identyfikacji gatunkowej 03 Nie spełnia wymagań stawianych przy ocenie dostatecznej Zna rodzaje i charakterystykę poszczególnych materiałów klinicznych używanych do badań mikrobiologicznych. Zna zasady i metody ich pobierania, przesyłania i przechowywania. 04 Nie spełnia wymagań stawianych przy ocenie dostatecznej Umie zaplanować i wykonać badania z zastosowaniem diagnostyki wirusologicznej, bakteriologicznej i mykologicznej z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych Zna rodzaje i charakterystykę poszczególnych materiałów klinicznych używanych do badań mikrobiologicznych. Zna szczegółowe zasady i metody ich pobierania, przesyłania i przechowywania oraz potrafi przeszkolić pacjenta, pielęgniarki lub lekarza w jaki sposób właściwie pobrać materiał do badań mikrobiologicznych Umie zaplanować, wykonać i zinterpretować badania z zastosowaniem diagnostyki wirusologicznej, bakteriologicznej i mykologicznej z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych chorobotwórczości oraz ogólnych zasad nowoczesnej taksonomii wirusów bakterii oraz grzybów Zna wszystkie powszechnie stosowane metody diagnostyki poszczególnych rodzajów drobnoustrojów oraz umie dobrać i zinterpretować otrzymane posiewy na odpowiednich podłożach. Umie zastosować, wykonać i omówić różne metody diagnostyczne stosowane do ich identyfikacji gatunkowej Zna rodzaje i charakterystykę poszczególnych materiałów klinicznych używanych do badań mikrobiologicznych. Zna szczegółowe zasady i metody ich pobierania, przesyłania i przechowywania. Umie pobrać materiał oraz potrafi przeszkolić pacjenta, pielęgniarki lub lekarza w zasadach pobierania materiału. Umie zaplanować, wykonać i zinterpretować badania z zastosowaniem diagnostyki wirusologicznej, bakteriologicznej i mykologicznej z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych. Potrafi 05 Nie spełnia wymagań stawianych przy ocenie dostatecznej Zna metody oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki oraz metody wykrywania mechanizmów oporności drobnoustrojów stosowane w badaniach diagnostycznych. Umie odpowiednio dobrać i zastosować te metody Zna metody oraz potrafi wykonać oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki oraz metody wykrywania mechanizmów oporności drobnoustrojów stosowane w badaniach diagnostycznych. Umie odpowiednio dobierać, zastosować i zinterpretować uzyskanych wyników badań wyjaśnić i omówić mechanizmy i reakcje zachodzące w stosowanych metodach Zna metody oraz potrafi omówić szczegółowo i wykonać badania oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki. Zna metody i potrafi wykonać badania wykrywania mechanizmów oporności drobnoustrojów. Umie odpowiednio dobierać, zastosować i zinterpretować uzyskanych wyników badań. Potrafi wyjaśnić i omówić mechanizmy i reakcje zachodzące w stosowanych metodach. 06 Nie spełnia wymagań stawianych przy ocenie dostatecznej Posługuje się normami prawnymi polskimi i europejskimi, wytycznymi i rekomendacjami KORLD oraz EUCAST wymaganymi w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej Posługuje się umiejętnie oraz potrafi dobrać i zastosować odpowiednie normy prawne polskie i europejskie oraz wytyczne i rekomendacje KORLD oraz EUCAST wymagane w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej Posługuje się umiejętnie oraz potrafi dobrać , zastosować i zinterpretować normy prawne polskie i europejskie, oraz wytyczne i rekomendacje KORLD oraz EUCAST wymagane w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej. * ocena celująca – wiedza i umiejętności wykraczają poza wymagania określone dla oceny 5 „bardzo dobry”