Kontrola AcroMetrix™ Oncology Hotspot

Kontrola AcroMetrix™ Oncology Hotspot
Do stosowania w diagnostyce in vitro
969056 Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot
Zastosowanie
Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot jest przeznaczona do użytku w oznaczeniach wykorzystujących sekwencjonowanie
nowej generacji (next generation sequencing, NGS), służących wykrywaniu mutacji somatycznych w DNA izolowanym z
próbek ludzkich. Kontrola ma na celu dostarczyć środków służących ocenie zmienności testów z dnia na dzień oraz pomóc
w wykrywaniu wzrostu wartości błędów przypadkowych lub systematycznych wynikających ze zmiany odczynników
z serii na serię, zmienności zależnej od wykonawcy oraz błędnych wskazań urządzeń pomiarowych. Ten produkt jest
przeznaczony do diagnostyki in vitro.
Charakterystyka i wyjaśnienie
Ostrzeżenia i środki ostrożności
Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot zawiera DNA bez kapsydu. Jakkolwiek nie ma danych świadczących o tym, że
DNA bez kapsydu jest niebezpieczny, zaleca się traktowanie tego produktu jako stwarzającego potencjalne zagrożenie
biologiczne. Należy przestrzegać ogólnych środków ostrożności, aby zapobiec przeniesieniu czynników zakaźnych podczas
pracy z materiałem.4,5,6
Nie należy pipetować ustami. Należy używać środków ochrony osobistej, w tym odzieży laboratoryjnej, rękawic i okularów
bezpieczeństwa. Nie należy jeść, pić ani palić w pomieszczeniach, gdzie pracuje się z preparatami.
Wzrasta wykorzystanie metod opartych o sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) w laboratoriach klinicznych, co
pociąga za sobą konieczność standaryzacji procedur, protokołów i materiałów, niezbędnej do zapewnienia spójności
wyników uzyskiwanych w różnych laboratoriach, z wykorzystaniem różnych urządzeń pomiarowych i platform
analitycznych oraz przez różnych laborantów.
Płyny, materiały i wycieki należy dezynfekować 0,5% roztworem podchlorynu sodu. Wszystkich materiałów i płynów użytych
podczas procedury należy pozbywać się w sposób przewidziany dla odpadów zawierających czynniki patogenne.
Urzędy i agendy rządowe, stowarzyszenia zawodowe i inicjatywy publiczne odpowiadają na gwałtowny wzrost użycia
technik NGS w laboratoriach klinicznych, wydając zalecenia dotyczące kontroli jakości (QC) laboratoryjnych testów
diagnostycznych. Na przykład Stowarzyszenie Patologów Amerykańskich (College of American Pathologists, CAP) wymaga
od laboratoriów klinicznych użycia kontroli pozytywnych w każdym wykonywanym oznaczeniu z zakresu patologii
molekularnej1. W innych wytycznych, np. obowiązujących w stanie Nowy Jork, podawany jest skład kontroli zawierającej
niewielkie ilości wielu wariantów każdego rodzaju2, zaś grupa robocza Nex-StoCT Centrum Zwalczania i Zapobiegania
Chorobom (Centers for Disease Control and Prevention, CDC) zaleca używanie materiałów zawierających większość lub
wszystkie warianty3.
Kartę charakterystyki substancji (MSDS) dla tego produktu można znaleźć pod numerem katalogowym 917335.
AcroMetrix Oncology Hotspot, jako wysoce multipleksowa kontrola jakości DNA o zastrzeżonym składzie, została
zaprojektowana, aby dostarczyć laboratoriom odpowiednie kontrole do setek amplikonów oznaczanych w panelach NGS.
Zawiera ponad 500 mutacji wybranych z bazy COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) w pięciu wariantach
różniących się liczbą nukleotydów. Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot obejmuje 53 geny: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM,
BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11,
GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1,
NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL.
Instrukcja użycia
Zasady oznaczenia
Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot składa się z mieszaniny syntetycznego i genomowego DNA w stabilizowanym
buforowanym roztworze. Genomowe DNA pozyskano z tej samej linii komórkowej (GM24385), która jest używana do
produkcji materiałów wzorcowych Genome in a Bottle przez Narodowy Instytut Standaryzacji i Technologii USA (National
Institute of Standards and Technology, NIST). Syntetyczny DNA, obecny w małych ilościach, służy wprowadzeniu setek
wariantów często identyfikowanych jako mutacje somatyczne w nowotworach. Wszystkie 521 wariantów zostało
potwierdzonych przez sekwencjonowanie metodą Sangera.
Tabela 1. Rozkład rodzajów wariantów w Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot
Warianty syntetyczne
Docelowy zakres częstości
Warianty genomowe
5-15%
15-35%
ND
317
155
32*
Warianty różniące się wieloma
nukleotydami
0
2
0
Delecje
15
14
0
Insertions
9
8
2*
Warianty złożone
0
1
0
Warianty różniące się pojedynczym
nukleotydem
* Warianty wykrywane w genomowym DNA zostały potwierdzone przy użyciu publicznie dostępnej informacji na temat
sekwencji genomu linii GM24385. Warianty genomowe będą uaktualniane w miarę dostępności informacji uzyskiwanych z
materiału wzorcowego Genome in a Bottle.
Odczynniki kontrolne
Numer katalogowy
Nazwa kontroli
Ilość
969056
Kontrola AcroMetrix® Oncology Hotspot
3 × 25 µl
Ten produkt zawiera 0,0095% ProClin™ 950 jako środek konserwujący.
Instrukcja przechowywania
Przechowywać w temperaturze nie wyższej niż -20°C. Nie należy używać tego produktu po upływie terminu ważności
wydrukowanego na etykiecie.
Aby uniknąć zanieczyszczenia, podczas pracy z produktem należy używać standardowych technik zgodnie z zasadami dobrej
praktyki laboratoryjnej.
Kontrolę AcroMetrix Oncology Hotspot należy rozmrozić w temperaturze pokojowej, delikatnie zworteksować i krótko
odwirować w wirówce (4–6 sekund), aby zebrać zawartość probówki na dnie.
DNA kontrolny należy dodać jako niezależną próbkę na etapie przygotowywania biblioteki podczas pracy techniką NGS.
Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot powinna być traktowana podobnie do genomowego DNA izolowanego rutynowo z
próbek i oznaczana w tym samym czasie co zwykłe próbki.
Kontrolę AcroMetrix Oncology Hotspot można poddać maksymalnie pięciu cyklom rozmrażania i zamrażania. Co więcej,
produkt można przechowywać w temperaturze 2–8°C przez 6 dni, używając go w tym czasie do czterech razy.
Interpretacja wyników
Wyniki oznaczenia poszczególnych wariantów Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot mogą różnić się w zależności
od metody przygotowywania biblioteki, techniki sekwencjonowania i opracowania bioinformatycznego. Aby ustalić
wyjściową wydajność, użytkownik powinien uwzględnić wyniki wielu oznaczeń wykonywanych w różnych warunkach (np.
przez różnych operatorów, różnymi zestawami, w różnych dniach), co pozwoli na stworzenie listy oczekiwanych wariantów
w danym laboratorium. Po ustaleniu zakresu pracy, lista wariantów oczekiwanych może zostać użyta do porównywania
kolejnych wyników oznaczeń prowadzonych za pomocą Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot.
Wyniki oczekiwane
W celu określenia jak wiele spośród wariantów obecnych w Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot może zotać wykrytych
techniką NGS, przygotowano trzy panele próbne różniące się sposobem przygotowywania biblioteki: Ion AmpliSeq™
Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) oznaczany za pomocą Personal Genome Machine™ (PGM™), TruSeq™ Amplicon Cancer
Panel (TSACP) za pomocą MiSeq™ i TruSight™ Tumor Panel (TSTP) za pomocą MiSeq.
W każdym z paneli próbnych do przygotowania biblioteki wykorzystano następujące objętości wyjściowe kontroli:
Panel próbny - przygotowanie biblioteki
Objętość Kontroli AcroMetrix® Oncology Hotspot
Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2
2,5 µl
TruSeq Amplicon Cancer Panel
5 µl
TruSight Tumor Panel
10 µl (na każdą przygotowywaną bibliotekę)
W każdym z paneli sprawdzano dwie serie Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot w dwóch powtórzeniach, w co najmniej
dwóch ośrodkach. Dodatkowe ośrodki testowały tylko jedną z serii co najmniej dwa razy lub obie serie naraz. Źródłem
zmienności między ośrodkami mogą być różne aparaty pomiarowe, operatorzy i ogólne schematy pracy. Znaczący wkład w
zmienność wyników może mieć także zróżnicowanie technik bioinformatycznych.
Rycina 1. Wyniki dla różnych ośrodków i paneli
Średnia liczba różnych rodzajów wariantów wykrywanych w Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot Control jest przedstawiona na ośrodek i zgrupowana w panelach. Uwaga: Całkowita liczba wariantów danego typu jest różna w różnych panelach.
450
Average Number of Variants Detected
400
350
300
Deletion
250
Insertion
200
Complex
150
MNV
SNV
100
50
0
Site Site Site Site Site Site Site Site Site Site Site Site Site
1
2
3
4
5
6
7
1
8
9
1
10 11
CHPv2
TSACP
TSTP
Aby ocenić wykrywalność konkretnych wariantów przez różne panele, wybrano dwadzieścia dwa warianty o znaczeniu klinicznym testowane w trzech panelach.
Rycina 2. Wykrywalność 22 wybranych wariantów pomiędzy panelami
W analizie uwzględniono dane z ośrodków, które testowały dwie serie kontroli co najmniej raz lub jedną serię co najmniej dwa razy. Kolorem granatowym oznaczono pozytywny wynik detekcji, zaś jasnoszarym jej brak. Wyraźnie widoczne są różnice pomiędzy
ośrodkami, nawet wykorzystującymi tę samą metodę przygotowywania biblioteki, co wskazuje, że na końcowy wynik prawdopodobnie duży wpływ mają techniki bioinformatyczne.
CHPv2
TSACP
Panel
TSTP
1
Proprietary & Confidential
Gene
NRAS
ALK
CTNNB1
CTNNB1
PIK3CA
PIK3CA
PIK3CA
PDGFRA
KIT
FGFR2
KRAS
KRAS
AKT1
TP53
TP53
GNAS
EGFR
EGFR
EGFR
MET
BRAF
PTEN
Mutation CDS
c.182A>G
c.3522C>A
c.121A>G
c.134C>T
c.1624G>A
c.1633G>A
c.3140A>G
c.2525A>T
c.2558G>A
c.755C>G
c.183A>C
c.35G>A
c.49G>A
c.818G>A
c.743G>A
c.601C>T
c.2235_2249del15
c.2573T>G
c.2582T>A
c.3757T>G
c.1799T>A
c.202T>C
Mutation AA
p.Q61R
p.F1174L
p.T41A
p.S45F
p.E542K
p.E545K
p.H1047R
p.D842V
p.W853*
p.S252W
p.Q61H
p.G12D
p.E17K
p.R273H
p.R248Q
p.R201C
p.E746_A750delELREA
p.L858R
p.L861Q
p.Y1253D
p.V600E
p.Y68H
Site #
Lot #
Run
Target
Frequency
5-15%
15-35%
1
1
1
2
2
1
2
2
1
2
1
3
4
1
1
1
2
2
1
1
2
1
5
1
2
2
1
2
1
2
3
4
1
6
1
2
7
1
3
1
1
2
1
1
2
3
8
1
2
2
9
1
3
1
2
2
1
1
2
1
2
2
1
2
10
11
1
2
1 2
A B A B 1 1
1
1
1
2
2
3
4
1
2
3
4
H1111_CHP2_RL1_1_Frequency
H1111_CHP2_RL1_2_Frequency
H1111_CHP2_RL2_1_Frequency
H1111_CHP2_RL2_2_Frequency
H0003_RL1_1_Variant
H0003_RL2_1_Variant
H0004_RL1_1_Frequency
H0004_RL1_2_Frequency
H0004_RL2_1_Frequency
H0004_RL2_2_Frequency
Frequency
H0002_RL1_1_Frequency
Frequency
H0002_RL1_2_Frequency
H0002_RL2_1_Frequency
H0002_RL2_2_Frequency
H0026_RL1-1_Frequency
H0026_RL1-2_Frequency
H0026_RL1-3_Frequency
H0026_RL1-4_Frequency
H0020_RL1-1_Frequency
H0020_RL1-2_Frequency
H0020_RL1-3_Frequency
H0033_RL1-1_Frequency
H0033_RL1-2_Frequency
H1111_TSACP_RL1_1_Alt
H1111_TSACP_RL1_2_Alt
H1111_TSACP_RL1_3_Alt
H1111_TSACP_RL2_1_Alt
H1111_TSACP_RL2_2_Alt
H1111_TSACP_RL2_3_Alt
H0008_RL1-1_vaf
Variant
H0008_RL1-2_vaf
Variant
H0008_RL2-1_vaf
Freq_13
Variant
H0008_RL2-2_vaf
Freq_13
Variant
H0005_1-1_Frequency
Freq_13
Variant
H0005_1-2_Frequency
Freq_13
Variant
H0005_2-1_Frequency
Freq_13
H0005_2-2_Frequency
Freq_13
H0006_RL1-A_Alt
H0006_RL1-B_Alt
H0006_RL2-A_Alt
H0006_RL2-B_Alt
H0007_RL1_Var
Variant
H0007_RL2_Var
Variant
H1111_TSTP_RL1_1_Alt
Freq_13
Variant
H1111_TSTP_RL1_2_Alt
Freq_13
Variant
H1111_TSTP_RL1_3_Frequency
%Freq_13
H1111_TSTP_RL1_4_Frequency
%Freq_13
H1111_TSTP_RL2_1_Alt
H1111_TSTP_RL2_2_Alt
H1111_TSTP_RL2_3_Frequ
Variant
H1111_TSTP_RL2_4_F
Variant
Freq_13
Freq_13
Variant
Varian
Fre
9 8 8 8 7 8 6 6 8 7 7 7 8 8 6 8 10 10 10 9 9 9 12 3 8 2 4 3 8
5 5
5 6
4
3 4 5 4 4
10 9 10 10 8 9 8 8 7 9 8 9 9 10 8 9 9 11 9 11 11 10 9 7 7 7 7 5 6 4 3 3 3
3 4
7
8 8 8 5 5 5 5 6 6 6 7
9 7 9 8 8 9 7 8 8 7 8 9 8 8 8 8 7 8 9 9 10 9 7 2
2
8
7
7
9
8 8 6
4
5
8 7 9 8 8 9 8 8 8 8 8 9 8 9 8 8 7 8 9 10 11 8 8 2
2
8 5 7 5
7
9
8 7 6
4
5
9 9 8 7
10 10 10 9 7 14 6 5 8 10 11 7 9 10 8 9 8
5
3
5
5 6
7 4 8
8
6 9
5
4
9 9 8 7
11 10 10 9 7 14 6 6 8 10 11 7 9 10 8 9 8
5
3
5
5 6
7 5 9
8
6 7
5
4
9 9 9 9 10 10 9 9 9 7 10 10 9 9 8 9 8 7 10 11 9 11 10
4 4
4 4
5
5
8 7 21 6 8 8 7 7 6 6 8 8 7 8 8 9 8 8 8 9 8 9
5 5 6 6 8 5 5
5 4 7 3 6 5
7 7 4 6 4 5 4 5 4 4
15 17 34 14 15 14 13 14 16 14 15 15 15 16 18 16 16 14 16 15 18 15
9 10 11 7 7 12 6
6 11 42 7 5 8 11 8 10 8 7 5 6 5 6 7 6 7 7
8 10 10 10 9 7 6 9 10 11 10 9 9 8 10 8 8 11 9 10 10 10 9 8 6 10 7 6 9 10 10 7 7 12
6 8
7 9 5 5 5 4 6 6 6 6
9 10 10 9 9 8 9 9 9 10 10 10 9 10 9 8 8 9 10 10 11 9 10 11 11 8 10 13 9 7 5 6 8
7 7
8
7 8 5 6 5 6 6 6 5 5
8 8 10 10 9 8 8 9 8 8 8 8 7 8 7 8 7 8 10 9 11 10 10 18 20 27 19 17 19 6 6 7 6 3
7 8
8
8 8 7 5 6 4 5 7 6 6 6
7 9 8 8 6 8 7 7 6 6 7 6 5 6 8 7 6 6 8 7 8 7 9 11 15 12 7 8 11 6 6 6 5 54
11 9
6 5 5
5 7 5
6 5
8 8 7 10 6 8 8 8 7 7 7 7 7 7 7 7 6 6 8 8 6 8 6 5 5 8 4 3 4
23
5
6 5 4 4 4 4 5 4 5 4
7 9 8 7 8 9 6 7 6 7 7 7 8 7 7 8 6 6 8 7 8 9 6 4 7 5 4 6 3 5
4 5 42
4 4
4 4
5
4
9 9 9 9 8 8 11 6 10 9 8 9 9 9 9 8 9 8 8 10 9 8
5 7 8 6 5 6
6
9
4 6 10 8 8 9 7 7 5 5 5 5 7 6 7 6
22 22 23 25 24 22 23 25 24 24 21 18 23 19 21 24 23 24 21 21 19 27 25 21 23 25 22 19 27 34 32 26 28
18 12
18 20 11 14 11 12 14 16 14 13
23 21 24 23 23 23 21 22 21 23 24 24 20 21 21 24 22 20 21 20 23 26 24 11 14 9 12 12 13 22 16 16 18
18 17 13 17 13 18 21 20
14
15
22 21 24 23 23 23 21 21 22 23 22 23 24 21 21 22 22 20 21 22 23 26 22 10 12 8 11 11 12 22 16 16 18
18 17 13 16 14 18 21 20
14
15
21 24 22 24 25 23 22 22 23 22 23 22 21 23 23 23 25 22 22 24 23 22 23 14 17 12 12 10 10 15 17 14 17
11 13 12 11 13 14 17 19
9
11
22 21 22 23 24 22 23 23 20 22 26 25 25 24 21 22 22 20 23 22 21 24
25 25 22 27 26 24 15 17 15 15
12 15 14 17 14 16 20 20
14
16
24 32 28 35 20 20 17 24 21 22 25 26 32 26 23 30 23 26 20 21 23 28 24 21 14 23 23 13 16 13 9
20
8 9 12 18 14 17 12 10 7 10 7 8 9 11 9 10
Podsumowanie wydajności metod dla wszystkich wariantów znajduje się na stronie produktu w witrynie Thermo Scientific: www.thermoscientific.com/qualitycontrols
Wyniki prezentowane przez Producenta służą wyłącznie celom informacyjnym. Końcowy użytkownik odpowiada za ustalenie własnych kryteriów wydajności.
2
Aby oszacować powtarzalność serii Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot, przygotowano dwie serie kontroli, które badano w 4 ośrodkach za pomocą systemu Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2. Każda z serii była testowana 1–2 razy w każdym z ośrodków.
Rycina 3. Powtarzalność z serii na serię
Wykresy skrzynkowe dla częstości wariantów oznaczonych techniką NGS pogrupowano z uwagi na częstość i typ wariantu docelowego. Podobieństwo wartości trzecich kwartyli, pierwszych kwartyli i median (oznaczonych czerwono) dla serii 1 i 2 dla każdego
z typów danego wariantu wskazuje powtarzalność wykrywania w różnych seriach tej samej kontroli.
100
100
Frequency
80
80
60
60
40
40
20
20
15-35%
5-15%
Ograniczenia
Lot 2
Lot 1
genomic
SNV
Lot 2
Lot 1
INS
Lot 2
Lot 1
SNV
Lot 2
Lot 1
INS
Lot 2
Lot 1
DEL
Lot 1
Lot 2
SNV
Lot 2
Lot 1
MNV
Lot 1
Lot 2
INS
Lot 2
Lot 1
DEL
Lot 2
Complex
Lot 1
0
Control Lot
Variant Type
Target Frequency
Literatura
Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot jest przeznaczona do użytku diagnostycznego In vitro. Kontroli AcroMetrix
Oncology Hotspot nie należy używać jako zamiennika kontroli wewnętrznych dostarczanych przez producentów zestawów
odczynnikowych do analiz in vitro.
1.
2.
3.
4.
College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist
New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.
Gargis AS, i in. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).
Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorób (Centers for Disease Control, CDC). Zalecenia dotyczące zapobieganiu
transmisji HIV w placówkach służby zdrowia (Recommendations for prevention of HIV transmission in health care
settings). MMWR 1987; 36 (Suplement nr 2S).
5. Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorób (Centers for Disease Control, CDC). Uaktualnienie: Ogólne środki
zapobiegania transmisji wirusa ludzkiego niedoboru odporności, wirusa zapalenia wątroby typu B i innych
patogenów krwiopochodnych w placówkach służby zdrowia (Universal precautions for prevention of transmission
of human immunodeficiency virus, hepatitis B virus, and other bloodborne pathogens in health-care settings).
MMWR 1988; 37:377-388.
6. Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorób (Centers for Disease Control, CDC). Wytyczne dotyczące zapobieganiu
zakażeniom wirusem ludzkiego niedoboru odporności i wirusem zapalenia wątroby typu B pracowników służby
zdrowia i bezpieczeństwa publicznego (Guidelines for prevention of transmission of human immunodeficiency
virus and hepatitis B virus to health-care and public-safety workers). MMWR 1989; 38(S-6): 1-36.
Legenda oznaczeń na etykiecie
Kod partii
Użyć do
Producent
Ograniczenia temperaturowe
Zagrożenie biologiczne
Numer katalogowy
Użycie do diagnostyki in vitro
Europejski znak zgodności
Microgenics Corporation
46500 Kato Road
Fremont, CA 94538 USA
USA — wsparcie dla klientów
i pomoc techniczna
1-800-232-3342
Autoryzowany przedstawiciel
Ostrzeżenie
Microgenics GmbH
Spitalhofstrasse 94
D-94032 Passau, Germany
Tel: +49 (0) 851 886 89 0
Fax: +49 (0) 851 886 89 10
Aktualną wersję ulotki można pobrać z witryny:
www.thermoscientific.com/qualitycontrols
Microgenics Corporation jest spółką zależną w całości należącą do Thermo Fisher Scientific Inc.
© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone. ProClin jest znakiem towarowym Rohm and Haas Company. TruSeq, MiSeq
i TruSight są znakami towarowymi Illumina, Inc. Wszystkie pozostałe znaki towarowe są własnością Thermo Fisher Scientific lub jej spółek
zależnych.
MAN0010820-B-PL
2015 02
3