Styczeń 2014

www.o pe ne xo me .pl
Szano wni Państ wo !
Na powitanie Nowe go Roku prz e ds tawiamy kole jne wydanie ne ws le tte ra Ope nExome . Prz e gląd
prac opublikowanych w os tatnich mie s iącach 2013 z aowocował z e s tawe m informacji dotycz ących
s e kwe ncjonowania ge nomów roś lin użytkowych. Pole camy Pańs twu notatkę na te mat wyników prac
dz iału R&D konce rnu Mons anto oraz publikację nie mie cko-his z pańs kie go kons orcjum naukowe go
pods umowująca proje kt s e kwe ncjonowania ge nomu buraka cukrowe go. Je że li chodz i o nowators kie
wykorz ys tanie narz ę dz i ge nomicz nych, to godnym uwagi artykułe m je s t praca autors twa z e s połu z
ame rykańs kie go Ins tytutu Oce anografii w Mas s achus e tts , pokaz ująca z as tos owanie wyników
uz ys kanych te chnologią NGS do s z acowania jakoś ci oraz bogactwa s urowca w danym z łożu gaz u
łupkowe go.
W kole jnych dz iałach ne ws le tte ra informuje my o najnows z ych produktach i roz wiąz aniach
proponowanych prz e z partne rów Ope nExome oraz prz ypominamy o z bliżających s ię konfe re ncjach
naukowych i s e minariach.
Życz ymy miłe j le ktury, cz e kając je dnocz e ś nie na Pańs twa kome ntarz e i s uge s tie na te mat
tre ś ci kole jnych wydań nas z e go biule tynu.
Zespół OpenExome
Ciekawe do niesienia literaturo we
Mo nsant o wyko rzyst uje NGS dla o pisania geno mu
bao babu af rykańskiego bawełny o raz na po t rzeby
weryf ikacji ziaren ro ślin GMO
Dz iałania ś wiatowe go lide ra branży rolnicz e j firmy
Mons anto s ą różnie oce niane prz e z roz maite ś rodowis ka.
Hodowcy roś lin patrz ący prz e z pryz mat dochodów jakie
prz ynos z ą plony s ą pe łni uz nania dla dz iałań te go
konce rnu w obs z arz e udos konalania odmian roś lin
uprawnych oraz produkcji innowacyjnych ś rodków ochrony
roś lin. Z kole i prz e ciwnicy wprowadz ania do obrotu
organiz mów
ge ne tycz nie
modyfikowanych
potę piają
dz iałalnoś ć Mons anto.
Ope nExome proponuje wys tudz ić e mocje towarz ys z ące
s porom ide ologicz nym i prz yjrz e ć s ię pracom badawcz oroz wojowym Ce ntrum Badania Ge nomu firmy Mons anto.
Nie je s t taje mnicą, że konce rn te n ś le dz i ws z e lkie nowinki
biote chnologicz ne , a te które uz na z a godne uwagi s z ybko
wprowadz a
do
s woich
laboratoriów.
Sz tandarowym
prz ykłade m je s t badanie roli krótkich RNA w e ks pre s ji
ge nów i produkcji białe k oraz wykorz ys tanie krótkich
inte rfe rujących RNA jako broni prz e ciwko pas ożytom roś lin.
Pro dukty
- ważne info rmacje
NGS a badanie trans lacji:
ARTs e q Ribos ome Profiling Kits
Nowe pane le ge nowe Multiplicom:
MODY, ADH oraz HCM MASTR
Ne xte ra Rapid Capture Exome
(8 s ample s )
SINGuLAR Analys is Tools e t 2.1 –
s ingle ce ll ge nomics s oftware
Fakty i wydarzenia
Stycz niowe s e minaria on-line
Kale ndarium konfe re ncji w Pols ce
Konfe re ncje z agranicz ne
Je ś li chodz i o te chnologię NGS, to w os tatnim cz as ie
laboratoria
Ce ntrum
Badań
Ge nomu
Mons anto
wypos ażono w s e kwe natory nas tę pne j ge ne racji, które
z os tały z aprz ę gnię te do odcz ytywania s e kwe ncji
ge nomów roś lin, jak równie ż do
potwie rdz ania
obe cnoś ci wprowadz anych ge nów w z iarnach z bóż
modyfikowanych
ge ne tycz nie .
Pole camy
Pańs twa
uwadz e artykuł autors twa Davida Kovalica (Mons anto),
Carla
Garnaata
(Baye r
Crop
Scie nce )
i
ws półpracowników opublikowany w 2012 roku na łamach
ame rykańs kie go cz as opis ma The Plant Ge nome , który
dotycz y
wykorz ys tania
te chnologii
NGS
oraz
ws półcz e s nych
narz ę dz i
bioinformatycz nych
do
ide ntyfikacji i klas yfikacji roś lin GMO (te ks t artykułu).
Cie kawą le kturą wydają s ię równie ż:
- notatka dotycz ąca proje ktu s e kwe ncjonowania ge nomu baobabu afrykańs kie go (Adanonia digitata),
z które j wynika, że roz miar ge nomu te go potę żne go długowie cz ne go drz e wa je s t z nacz nie
mnie js z y niż s podz ie wali s ię naukowcy oraz że dane ge ne tycz ne potwie rdz ają prz ynale żnoś ć
baobabu do rodz iny ś laz owatych i pe wne pokre wie ńs two te go drz e wa z bawe łną (notatka)
- notatki na s tronie Mons anto dotycz ące proje ktu s e kwe ncjonowania ge nomu bawe łny (link)
Źródła:
• https ://www.crops .org/publications /tpg
• http://www.mons anto.com/products /Page s /mons anto-s cie nce -and-re s e arch.as px
• http://www.illumina.com/applications /agriculture /community.ilmn
Sekwencjo no wanie geno mu buraka zwyczajnego (Beta vulgaris)
Poz os tając w te macie roś lin uprawnych podpowiadamy Pańs twu le kturę , dos tę pne j na łamach
grudniowe go pis ma Nature , publikacji autors twa nie mie cko-his z pańs kie go z e s połu badawcz e go
kie rowane go prz e z profe s orów He inz a Himme lbaue ra i Be rnda We is s haara. W ramach prac
kons orcjum
Plant2030
AnnoBe e t
Cons ortium
i
prz y
wykorz ys taniu
możliwoś ci
wys okoprz e pus towych platform NGS wiodących dos tawców (w tym s ys te mu HiSe q firmy Illumina)
opracowano pie rws z ą s e kwe ncję re fe re ncyjną ge nomu buraka z wycz ajne go. Burak z wycz ajny to
roś lina pows z e chnie uprawiana w Europie , głównie na potrz e by prz e mys łu cukrownicz e go dla
produce ntów bioe tanolu oraz wytwórców pas z dla z wie rz ąt.
Tre ś ć artykułu s z cz e gółowo opis ująca me todologię i s tos owane narz ę dz ia bioinfomatycz ne z
pe wnoś cią bę dz ie s we go rodz aju prz e wodnikie m dla os ób roz ważających s e kwe ncjonowanie
ge nomowe w s woich proje ktach badawcz ych. Natomias t s ama s e kwe ncja z de ponowana w baz ie
danych nie s ie wie le nowych informacji dla oś rodków z ajmujących s ię udos konalanie m odmian
buraka z wycz ajne go i bę dz ie pomocna np. pocz as ide ntyfikacji ge nów z wiąz anych z okre ś lonymi
ce chami korz ys tnymi lub nie pożądanymi z punktu widz e nia hodowców.
Źródła:
• Pubme d - PMID: 24352233
• http://bvs e q.molge n.mpg.de /Ge nome /inde x.s html
Charakt eryst yka ko nso rcjó w bakt eryjnych z t erenu zaso bnego w gaz łupko wy
Artykuł autors twa Corne lii Wuchte r i ws półpracowników z amie s z cz ony w grudniowym wydaniu
cz as opis ma Frontie rs in Microbiology z wrócił nas z ą uwagę , ponie waż pokaz uje , że te chnologia
s e kwe ncjonowania nas tę pne j ge ne racji z nalaz ła z as tos owanie w badaniach z wiąz anych z
nie konwe ncjonalnymi ź ródłami e ne rgii. Grupa badacz y z Ins tytutu Oce anografii w Woods Hole ,
Mas s achus e tts podję ła s ię charakte rys tyki organiz mów prokariotycz nych obe cnych w z biornikach i
cie kach wodnych z obs z aru inte ns ywne go wydobycia gaz u łupkowe go o naz wie Antrim, który
z najduje s ię na te re nie Bas e nu Michigan.
Wykonano s z e re g analiz fiz ykoche micz nych mających na
ce lu z badanie s kładu che micz ne go pobranych próbe k wody
oraz z dolnoś ci kons orcjów bakte ryjnych do produkcji me tanu
z ale żnie od dos tę pnoś ci okre ś lonych s ubs tratów w ś rodowis ku.
Je ś li z aś chodz i o ide ntyfikację konkre tnych gatunków
mikroorganiz mów obe cnych w pobranych próbkach, autorz y
publikacji pos łużyli s ię protokołe m de dykowanym do badań
me tage nomicz nych i wykonali s e kwe ncjonowanie 16S RNA w
s ys te mie MiSe q Illumina. Uz ys kane wyniki ws kaz ują, że w
badanym
mate riale
wys tę powały
okre ś lone
gatunki
organiz mów prokariotycz nych (głównie bakte rii i arche bakte rii).
Autorz y publikacji twie rdz ą, że na z awartoś ć me tanu w łupkach, a tym s amym na atrakcyjnoś ć
dane go z łoża dla firm wydobywcz ych z pe wnoś cią wpływ ma s kład gatunkowy mikroorganiz mów
bytujących w tym ś rodowis ku, ale podcz as prognoz owania z awartoś ci gaz u na obs z arach
pe rs pe ktywicz nych pod uwagę nale ży brać te ż takie cz ynniki jak mikros truktura s z cz e lin w s kale ,
obe cnoś ć oraz s kład che micz ny wody w s kale , wys yce nie wody okre ś lonymi gaz ami i
s ubs tancjami.
Źródło:
• Pubme d - PMID: 24367357
Info rmacje o d partneró w OpenExo me
Epicent re
ART seq Ribo so me Pro f iling Kit s
Se kwe ncjonowanie ule gające j trans lacji w danym mome ncie puli mRNA je s t już możliwe .
Zwracamy Pańs twa uwagę na z e s taw odcz ynników ARTs e q Ribos ome Profiling Kits , cz yli narz ę dz ie
poz walające prz ygotować na potrz e by s e kwe ncjonowania nas tę pne j ge ne racji bibliote kę mRNA
aktywne go trans krypcyjnie .
Se le kcja i s e kwe ncjonowanie nici mRNA, które z wiąz ane s ą z
podje dnos tkami rybos omów, poz wala na:
•
•
•
•
•
ilos ciową analiz ę e ks pre s ji ge nów
ide ntyfikację mie js c s tartu trans lacji
prz e widywanie s ynte z y okre s lonych białe k w komórce
opis me chaniz mów kontrolujacych trans lację
analiz ę in vivo trans lacji oraz proce s ów ko-trans lacyjnych
Sche mat prz ygotowania bibliote ki NGS aktywne go trans ktypcyjnie
RNA protokoły pracy z pos z cz e gólnymi z e s tawami ARTs e q dos tę pne
s ą tutaj.
Mult iplico m
Premiera MODY, ADH o raz HCM - ko lejnych paneli geno wych MAST R firmy Mult iplico m
o raz cert yfiko wanego CE/IVD zest awu znacznikó w mo lekularnych (barco des) do
sekwenat o ra MiSeq
W grudniu 2013 katalog firmy Multiplicom powię ks z ył s ię o cz te ry nowe produkty prz e z nacz one
do diagnos tyki klinicz ne j oraz badań naukowych prowadz onych z wykorz ys tanie m te chnologii NGS:
• Zest aw CE/IVC MID f o r Illumina MiSeq – to dobrz e już z nany klie ntom Multiplicom z e s taw
s e kwe ncji/ z nacz ników mole kularnych umożliwiających prowadz e nie re akcji typu multiple ks w
s e kwe natorz e MiSe q, który uz ys kał ce rtyfikację do diagnos tyki klinicz ne j (ce rtyfikowane CE/IVD). W
ofe rcie firmy z najdują s ię dwa z e s tawy, każdy z awie ra po 48 różnych wariantów podwójnych
z nacz ników. Łącz ne wykorz ys tanie tych dwóch z e s tawów poz wala na analiz ę do 192 prób podcz as
je dne j re akcji s e kwe ncjonowania.
http://www.multiplicom.com/products /mid-for-illumina-mis e q-0
• MODY MAST R - to pane l ge nowy poz walający na wcz e s ną diagnos tykę cukrz ycy typu 2
wys tę pujące j u os ób młodych (ang.: MODY, maturity ons e t diabe te s of the young). Pane l MASTR
MODY obe jmuje re giony kodujące s ie dmiu ge nów mających wpływ na produkcję ins uliny (ABCC8,
GCK, HNF1A, HNF4A, HNF1B, INS and KCNJ11), których mutacje wiąz ane s ą z prz ycz ynami te j
choroby. Wykonanie pię ciu re akcji PCR typu multiple ks z ape wnia wz bogace nie próbe k w 118
amplikonów obe jmujących s e kwe ncje kodujące wymie nionych ge nów.
http://www.multiplicom.com/products /mody-mas tr
• ADH MAST R – to narz ądz ie poz walające na prowadz e nie oce ny ge ne tycz nych pre dys poz ycji
pacje nta do hipe rchole s te role mii, która poś re dnio poz wala prz e widz ie ć s kłonnoś ć do miażdżycy
oraz prz e dwcz e s nych proble mów z układe m krąże nia. ADH, to rodz inna hipe rchole s trole nia
dz ie dz icz ona w s pos ób autos omalny dominujący. Pane l ADH MASTR poz wala na prz ygotowanie
bibliote ki obe jmujące j re giony kodujące i promotorowe ge nów LDLR, PCSK9 i ApoE oraz fragme ntu
e gz onu nr 26 ge nu ApoB. Wz bogace nie prób w s e kwe ncje mające z os tać poddane
s e kwe ncjonowaniu odbywa s ię w trakcie 4 re akcji typu PCR multiple ks (pows tają łącz nie 63
amplikony).
http://www.multiplicom.com/products /adh-mas tr
• HCM MAST R - to pane l pomocny w opis ie pre dys poz ycji pacje nta do roz woju rodz inne j
kardiomiopatii prz e ros towe j. Je s t to choroba dz ie dz icz ona w s pos ób autos omalny dominujący i u je j
pods taw le żą mutacje w obrę bie nas tę pujących ge nów: MYBPC3, MYH7, TNNI3, TNNT2 oraz MYL2.
Wykorz ys tując pane l HCM MASTR nale ży prz e prowadz ić pię ć re akcji PCR typu multiple ks i wówcz as
prz ygotowuje s ię bibliote ki obe jmujące całe re giony kodujące wyże j wymie nionych ge nów (łącz nie
131 amplikonów).
http://www.multiplicom.com/products /hcm-mas tr
Illumina
No wy mniejszy f o rmat zest awu Next era Rapid Capt ure Exo me
Odpowiadając na potrz e by użytkowników s ys te mów MiSe q firma Illumina wprowadz iła produkt
Ne xte ra Rapid Capture Exome (8 s ample s ), cz yli nowy mnie js z y format z e s tawu do wz bogacania
bibliote k e gz omowych.
Ne xte ra Rapid Capture Exome to najs z ybs z y na rynku s pos ób prz ygotowania dos konałe j jakoś ci
bibliote k DNA, który poz wala na s e le kcję s e kwe ncji e gz omowych cz łowie ka o łącz ne j wie lkoś ci 37
Mb dając 4Gb informacji uz ys kane j w re akcji NGS. Komple ks owy protokół Ne xte ra Rapid Capture
Exome wymaga je dynie 50 ng ge nomowe go DNA jako wyjś ciowe go mate riału i gwarantuje wys oce
wydajne prz ygotowanie do 96 bibliote k e gz omowych w z ale dwie 1,5 dnia (w tym je dynie 5 godz in
pracy manualne j).
Illumina z optymaliz owała z e s taw Ne xte ra Rapid Capture Exome (8 s ample s ) do prz ygotowania
bibliote ki kodujące go DNA w układz ie s ingle ple x. Ze s taw z awie ra ws z ys tkie odcz ynniki nie z bę dne
do prz ygotowania wz bogacane j w s e kwe ncje e gz omowe bibliote ki DNA i je s t w pe łni kompatybilny
z najnows z ą we rs ją odcz ynników do s e kwe ncjonowania MiSe q Re age nt Kit v3. Illumina z ale ca
analiz ę poje dyncz e j bibliote ki e gz omowe j podcz as je dne j re akcji s e kwe ncjonowania w urz ądz e niu
MiSe q i s uge ruje prowadz e nie re akcji s e kwe ncjonowania z odcz yte m 2 x 150 pz prz y użyciu
z e s tawu MiSe q Re age nt Kit v3 (150 cycle s ) lub dla os iągnię cia wyżs z e go ws półcz ynnika pokrycia
s e kwe ncji - MiSe q Re age nt Kit v3 (600 cycle s ).
Ws z ys tkich z ainte re s owanych informuje my, że z e s taw Ne xte ra Rapid Capture Exome (8
s ample s ) o nume rz e katalogowym FC-140-1000 je s t już dos tę pny kome rcyjnie . Wię ce j informacji
na s tronie : http://www.illumina.com/products /ne xte ra-rapid-capture -e xome -kits .ilmn
Fluidigm
SINGuLAR Analysis T o o lset 2.1 - o pro gramo wanie do badań t ypu single-cell geno mics
Firma Fluidigm prz e ds tawia SINGuLAR Analys is Tools e t 2.1. To nowa we rs ja unikalne go
oprogramowania, poz walające go opracowywać wyniki uz ys kane w te chnologii ge nomiki poje dyncz e j
komórki. SINGuLAR to narz ę dz ie dla biologów komórki, którz y z amie rz ają z inte rpre tować wyniki
analiz y e ks pre s ji ge nów i z ide ntyfikować s pe cyficz ne s ubpopulacje komóre k w nie je dnorodne j
próbce . Nowa we rs ja oprogramowania poz wala na opracowanie wyników takich aplikacji jak s ingle ce ll mRNA Se que ncing, s ingle -ce ll Targe te d Ge ne Expre s s ion oraz Single -ce ll microRNA
Expre s s ion Profiling.
Oprogramowanie SINGuLAR poz wala te raz w cz te re ch pros tych krokach prz e analiz ować dane
uz ys kane z wys okoprz e pus towych s ys te mów (C1 Single Ce ll Auto Pre p Sys te m, BioMark HD
Sys te m oraz s e kwe natory NGS Illumina), pods umować różnice e ks pre s ji ge nów w badanych
próbach i prz e ds tawić wyniki w prz e jrz ys ty, graficz ny s pos ób. Tym s amym możliwe je s t
s amodz ie lne opracowanie danych, be z konie cz noś ci korz ys tania z us ług firm bioinformatycz nych
lub pis ania s kryptów na z amówie nie . Wię ce j informacji: http://www.fluidigm.com/s ingular-analys is tools e t.html.
Przypo minamy o terminach zbliżających się ...
... seminarió w o n-line (t zw. webinars) pro wadzo nych przez specjalist ó w aplikacyjnych
f irmy Illumina:
Illumina prowadz i s z kole nia on-line dotycz ące prowadz e nia badań z wykorz ys tanie m te chnologii
s e kwe ncjonowania nas tę pne j ge ne racji oraz mikromacie rz y.
W s tycz niu z e s pół Illumina Te chnical Support prz e widuje nas tę pujące te maty:
• obe jmujący 5 s e minariów (7, 14,16, 23 i 30 s tycz nia) roz budowany blok te matycz ny dotycz ący
s e kwe ncjonowania RNA
• oce na prz e bie gu i jakoś ci re akcji s e kwe ncjonowania z wykorz ys tanie m Se que nce Analys is
Vie we r (SAV)
• de multiple ks owanie s e kwe ncji po re akcji s e kwe ncjonowania – Ope n Forum
• wprowadz e nie badań e pige ne tycz nych z wykorz ys tanie m mikromacie rz y Infinium Me thylation
Ucz e s tnictwo w s e minariach (we binarach) Illumina wymaga dos tę pu do inte rne tu oraz
aktywne go połącz e nia te le fonicz ne go (połącz e nie be z płatne ). Aby wz iąć udz iał w danym
s e minarium nale ży dokonać uprz e dnie j re je s tracji drogą e le ktronicz ną. Komple tną lis tę
s tycz niowych s e minariów oraz linki re je s tracyjne z najdz ie cie Pańs two na s tronach www
Ope nExome oraz Illumina:
http://s upport.illumina.com/training/array.ilmn
http://s upport.illumina.com/training/s e que ncing.ilmn
... ko nf erencji i sympo zjó w w Po lsce:
Przeszło ść i przyszło ść diagno st yki labo rat o ryjnej:
diagno st yka mo lekularna i genet yczna
17.01.2014. Wydz iał Farmace utycz ny z Odz iałe m Analityki Me dycz ne j UM we Wrocławiu
link
CrimeLab – III Międzynaro do we T argi T echniki Kryminalist ycznej
12-14.03.2014. Wars z awa
link
... ko nf erencji zagranicznych:
Fundament als o f Clinical Geno mics
14-17.01.2014. Hixton, Cambridge , UK
link
Omics meet s Cell Bio lo gy: Applicat io ns t o human Healt h and Disease
18-23.02.2014. Taos , Ne w Me xico, USA
link
Mo bile Genet ic Element s and Geno me Evo lut io n
9-14.03.2014. Santa Fe , Ne w Me xico, USA
link
Big Dat a in Bio lo gy
23-25.03.2014. San Francis co, California, USA
link
Epigenet ic Pro gramming and Inherit ance
6-10.04.2014. Taos , Bos ton, Mas s achus e tts , USA
link
O pe nExo me s .c . | ul. S c hro e ge ra 82 | 0 1-828 Wars z awa | (+48) 22 46 5 25 27 | c o mmunity@ o pe ne xo me .pl