Dynamika molekularna cz. 1

Sławomir Kulesza
[email protected]
Symulacje komputerowe (09)
Dynamika molekularna cz. 1
Wykład dla studentów Informatyki
Ostatnia zmiana: 21 maja 2015 (ver. 4.0)
Dynamika molekularna
(Molecular Dynamics - MD)
Cechy symulacji MD
Zadania symulacji MD
Ograniczenia MD
Ograniczenia MD
Odwracalność procesów w MD
Potencjały oddziaływań MD
Potencjały oddziaływań MD
Potencjał Lenarda-Jonesa
Obcięty potencjał Lenarda-Jonesa
Periodyczne warunki brzegowe
Periodyczne warunki brzegowe
Listy sąsiadów
Skale czasowe zagadnień MD
Całkowanie równań ruchu
Wybrane algorytmy MD
Algorytm Verleta (1967)
Algorytm Verleta (1967)
Algorytm Verleta (1967)
Algorytm leapfrog
Algorytm leapfrog
Algorytm velocity Verlet (1982)
Ogólny schemat MD
Ogólny schemat MD dla biomolekuł
Struktura – PDB
Dodanie wodorów
Uwodnienie
Uwodnienie
Termostatowanie
Optymalizacja układu
Optymalizacja układu
Ekwilibracja wody
Termostatowanie
Energia oddziaływań
Zwijanie się białek