Publikacje: 1. J. Kuczera, A. Fogt, K. Kubica, S. Przestalski, S. Witek

Publikacje: 1. J. Kuczera, A. Fogt, K. Kubica, S. Przestalski, S. Witek

Publikacje:
1. J. Kuczera, A. Fogt, K. Kubica, S. Przestalski, S. Witek, J. Plucinski, Effect of a
surface active anions on the activity of dodecyoxymethylenemethylmorpholinium
chloride as modifier of sulphate ion transport across lecithin liposome membrane.
studia biophysica 133(3):209-220(1989)Dec, 11
2. K. Kubica, J. Kuczera, Application of cellular automata to model a lipid membrane,
Applied Mathematics and Computation, 39(1):49-59(1990)
3. K. Kubica, J. Kuczera, The effect of the alkyl chain length of modifier molecules on
membrane structure studied by the cellular-automaton method. Applied Mathematics
and Computation, 44:183-193(1991)
4. K. Kubica, Cellular automata model for lipid membrane. Appl. Math. Comp. 63:187199(1994)
5. K. Kubica, Cellular automata studies of cholesterol effect on gramicidinion
conductivity. Appl. Math. Comp. 64:1-14 (1994)
6. K. Kubica, A. Fogt, J. Kuczera, Influence of amphiphilic anionic and cationic
mixture on calcium ion desorption from lecithin liposomes. II. Computer simulation.
Polish Journal of Environmental Studies 3(4):37-41(1994)
7. A. Fogt, K. Kubica, J. Kuczera, Influence of amphiphilic anionic and cationic
mixture on calcium ion desorption from lipid membranes. I. Experiments with
Small Unilamellar Vesicles. Polish Journal of Environmental Studies 3(4): 3135(1994)
8. K. Kubica, Pink's model and lipid membranes. Cellular and Molecular Biology Letters
2:257-263(1997)
9. K. Kubica, The Effect of Amphiphilic Counterions on the Gel-Fluid Phase Transition
of the Lipid Bilayer. App. Math. Comp. 87:261-270(1997)
10. J. Sarapuk, K. Kubica, Cut-off phenomenon, Cellular and Molecular Biology Letters
3:261-269(1998)
11. K. Kubica, Polar head charge of membrane modifiers and their biological activity: The
Monte Carlo simulation studies. Task Quarterly 2:601-609(1998)
12. M. Langner, K. Kubica,The electrostatics of lipid surfaces, Chem.Phys. Lipids101, 235 (1999)
13. M. Langner, H. Pruchnik, K. Kubica, The effect of the lipid bilayer state on
fluorescence intensity of Pluorescein-PE in saturated lipid bilayer. Zeitschrift fur
Naturforsch. 55c, 418-424 (2000)
14. K. Kubica, Badanie zdolności wbudowywania się jonowych amfifilowych
modyfikatorów do błon lipidowych. Symulacja komputerowa. Prace Naukowe
Instytutu Technologii Organicznej i Tworzyw Sztucznych Politechniki Wrocławskiej
48 seria:Konferencje 22, 213-215(2000)
15. M. Langner, K. Kubica Liposomowe nośniki doksorubicyny. Adv. Clin. Exp. Med.
2000, 9, 2, 195-202
16. K. Kubica, Monte Carlo simulation towards ripple phase modelling, Computers and
Chemistry 25/3,245-250 (2001)
17. K. Kubica, Importance of polar head orientation for the lipid membrane properties,
Bio-Forum II Polish Biobusiness as a Partner of International Enterprises, Ed. T.
1
Pietrucha pp.87-89 (2001)
18. K. Kubica, Computer simulation studies on significance of lipid polar head
orientation. Computers & Chemistry 26/4, 351-356 (2002)
19. K. Kubica, Automaty komórkowe w badaniach biologicznych. Zeszyty Naukowe AR
LXXXIV nr 445, 197-204 (2002)
20. K. Kubica, Computer simulation studies on significance of lipid polar head charge.
Cellular and Molecular Biology Letters 7/4, 971-982(2002)
21. K.Kubica, M. Langner, J. Gabrielska, The dependence of Fluorescein-PE fluorescence
intensity on lipid bilayer state. Evaluating the interaction between the probe and lipid
molecules. Cellular and Molecular Biology Letters 8/4, 943-954(2003)
22. M. Kotulska, K. Kubica, Modelling the effect of ionic strength on durability of lipid
membrane in the gel phase.Acta Physica Polonica B 36, 1641-1651 (2005)
23. M. Kotulska, K. Kubica, Structural and energetic model of the mechanisms for
reduced self-diffusion in lipid bilayer with increasing ionic strength. Physical Review
E 72, 061903 (2005)
24. S. Kalinowski, S. Koronkiewicz, M. Kotulska, K. Kubica, Simulation of
electroporated cell by chronopotentiometry. Bioelectrochemistry 70(2007), 83-90
25. Aisenbrey C, Borowik T, Byström R, Bokvist M, Lindström F, Misiak H, Sani M-A,
Gröbner G “Review: How is protein aggregation in amyloidogenic diseases modulated
by biological membranes?” European Biophysics Journal (2007)
26. M. Kotulska, K. Kubica, S. Koronkiewicz, S. Kalinowski, Modeling the induction of
lipid membrane electropermeabilization. Bioelectrochemistry 70(2007), 64-70
27. K.Kubica, A pore creation in a triangular network model membrane, Comput. Biol
Chem. 32 (2008), 163-166
28. M. Kotulska, K.Kubica, Random processes in the appearance and dynamics of an
electropore in a lipid membrane in Advances in planar lipid bilayer and liposomes 7
(Ed. A. Leitmanova Liu.) Amsterdam, Elsevier/Academic Press 2008, 1-38
29. K. Kubica, M. Kotulska, Model mechanizmu elektroporacji błon biologicznych,
Błony biologiczne, Monografia (red. J. Gabrielska, P. Misiak), Wrocław (2008), 88-93
30. H.Misiak „Badania oddziaływań amyloidu β (1-40) z błonami lipidowymi” Błony
biologiczne, Monografia (red. J. Gabrielska, P. Misiak), Wrocław (2008), 241-244
31. D. Man, R. Olchawa, K. Kubica, Membrane fluidity and the surface properties of the
lipid bilayer: ESR experiment and computer simulation. Journal of Liposome
Research 20 (3) (2010), 211-218; DOI: 10.3109/08982100903286485
http://www.informahealthcare.com/lpr
32. K.Kubica, Simplifying assumptions and the scope of application of lipid membrane
models, Bio-Algorithms and Med-Systems, Vol 7, No. 2, (2011), 13-16
Komunikaty konferencyjne:
1. J. Kuczera, A. Fogt, K. Kubica, S. Przestalski, S. Witek, J.Plucinski, Wpływ
alkinlosulfonianów na aktywność działania chlorku dodecylooksymetylenomorfoliniowego na process desorpcji jonów wapnia z błon liposomów lecytynowych.
Konunikaty III Ogólnopolskiej Konferencji Biologii Komórki (Łódź 1988), Polskie
Towarzystwo Anatomiczne, Tom 16-Nr 1 1989, str. 117-118
2. J. Kuczera, A. Fogt, K. Kubica, S. Witek, J. Plucinski, Effect of amphiphilic
sulphonates on the activity of dodecyloxymethylene-methylmorpholinium chloride
towards sulphate ion transport across liposome membranes. In: Biophysics of
Membrane Transport, School Proceedings (Eds J. Kuczera and S. Przestalski) p.340,
Wroclaw 1989
3. K. Kubica, J. Kuczera, Cellular automata for model lipid membrane. In: Abstracts
and Posters of the International Symposium Mathematical Models of Cellular
Processes, p.40 Holzhau 1989
4. K. Kubica, A. Fogt, J. Kuczera, Forma występowania anionowych i kationowych
detergentów a ich wpływ na transport jonów siarczanowych przez błony liposomów
lecytynowych. Materiały Konferencyjne, V Ogólnopolskie Sympozjum z cyklu
BŁONY BIOLOGICZNE, Lublin 1989, str. 83
5. A. Fogt, K. Kubica, J. Kuczera, Porównanie wpływu jednoczesnego działania
anionowych i kationowych amfifili na proces transportu dwuwartościowych,
dodatnich i ujemnych jonów przez błony liposomów. IV Ogólnopolska Konferencja
Biologii Komórki, Poznań 1990, str. 26
6. K. Kubica, J. Kuczera, Cellular automata applied for study of the effect of one - and
two-component modifiers on lipid membrane. In: Biophysics of Membrane
Transport, School Proceedings (Eds J. Kuczera and S. Przestalski) p.278, Wrocław
1990
7. J. Kuczera, A. Fogt, K. Kubica, S. Przestalski, Amphiphilic ion-pairs as modifiers of
divalent ion transport in liposomes. 10 International Biophysics Congress p.303
Vancouver 1990
8. A. Fogt, K. Kubica, J. Kuczera, Release of Ca ions from SUV surface under
simmultaneous action of anionic and cationic amphiphiles. In: Biophysics of
Membrane Transport, School Proceedings (Eds J. Kuczera and S. Przestalski)
p.259, Wroclaw 1990
9. J. Kuczera, A. Fogt, K. Kubica, Dodecyloxymethylenemethylmorpholiniumalkylsulphonates as modifiers of sulphate ion transport across lecithin liposome
membrane. International Conference on Molecular Dynamic in Membrane. p.57
Tihany/Lake Balaton 1990
10. K. Kubica, J. Kuczera, Cellular automata formalism as a method in membranology.
In: Abstracts Booklet of the Fifth International Conference on Langmuir-Blodget
Films, GP, Paris 1991
11. K Kubica,
J.
Kuczera,
Metoda automatów komórkowych w badaniach
mechanizmów modyfikacji błon biologicznych, Materiały Konferencyjne, VI
Ogólnopolskie Sympozjum Błony Biologiczne, Łódź 1991, str. 90-91
12. J. Kuczera, T. Kral, K. Kubica, A. Fogt, Zdolność amfifilowych anionów do
regulowania efektywności działania amfifilowych kationów na transport jonów przez
błony biologiczne, Materiały Konferencyjne, VI Ogólnopolskie Sympozjum Błony
Biologiczne, Łódź 1991, str. 87-88
13. K. Kubica, Cholesterol-dependent inactivation of gramicidin A ionic channels studied
by cellular automata method. In: Biophysics of Membrane Transport, School
Proceedings (Eds J. Kuczera and S. Przestalski) p. 301 Wrocław 1992
14. K. Kubica, A. Fogt, T. Kral, J. Kuczera, Experimental and theoretical studies of
amphiphilic counter-ion regulation effect on Ca release from liposomal membrane.
In: Biophysics of Membrane Transport, School Proceedings (Eds J. Kuczera and S.
Przestalski) p. 302 Wrocław 1992
15. K. Kubica, Automaty komórkowe w badaniach biologicznych. Streszczenia
Wykładów i Komunikatów, V Ogólnopolska Konferencja Biologii Komórki, Wrocław
1993, str. 208.
16. K. Kubica, Amphiphilic counterion effect on gell-fluid phase transition of lipid
bilayers. In: Computers in Chemistry. Abstracts p.50 Wrocław 1994
17. K. Kubica, Amphiphilic counterion effect on gell-fluid phase transition of lipid
bilayers. In: Biophysics of Membrane Transport, School Proceedings (Eds S.
Przestalski, J. Kuczera and H. Kleszczynska) p.225 Wrocław 1994
18. K. Kubica, The effect of a mixture of amphiphilic counterions on a model lipid
membrane, Progress in Biophysics and Molecular Biology 65, Supplement1,
p.46(1996)XIIth International Biophysics Congress, Amsterdam 1996
19. K. Kubica, The effect of a mixture of amfifilic counter-ions on a model lipid
membrane, Folia Histochemica et Cytobiologica 34, suppl. 2 1996, Abstracts of the 6th
Conference on Cell Biology, Lublin 1996, str.14
20. K. Kubica, Pink's model and real systems. Cellular and Molecular Biology Letters
2,Suplement 1:p.277 (1997)XII School Proceedings, Part 2 (Ed. J. Kuczera, K.
Kubica, B. Różycka-Roszak, S. Przestalski)
21. K. Kubica, J. Sarapuk, Interdigitation – a possible explanation of existence of
maximum interaction of amphiphilic compounds with model membranes. Cellular and
Molecular Biology Letters 2,Suplement 1:p.278 (1997)XII School Proceedings, Part 2
(Ed. J. Kuczera. K. Kubica, B. Różycka-Roszak, S. Przestalski)
22. M. Langner, K. Kubica, Pomiar stężenia związków biologicznie aktywnych na
powierzchni błon biologicznych. Current Topics in Biophysics 22,70(1998). X Zjazd
Polskiego Towarzystwa Biofizycznego, Lublin, 2-4 09. 1998
23. K. Kubica, Lipid membrane structure studied by Monte Carlo method, p. 179, in
Abstract Book, 7th International Symposium on Molecular Aspects of Chemoterapy,
Gdańsk 1999
24. K. Kubica, M. Langner, Experimental and theoretical studies on fluoresceine-PE in
DPPC bilayer. W.Mejbaum-Katzenellebogen’s Molecular Biology Seminars.
6.Liposomes and Related Structures, Szklarska Poręba 1999
25. M. Langner, K. Kubica, M. Adamkiewicz, Formation of lipid-furaginum complexes.
W.Mejbaum-Katzenellebogen’s Molecular Biology Seminars. 6.Liposomes and
Related Structures, Szklarska Poręba 1999
26. K. Kubica, Znaczenie dipolowej budowy głów polarnych lipidów w analizie przejść
fazowych błon lipidowych, Current Topics in Biophysics, XI Zjazd Polskiego
Towarzystwa Biofizycznego str.76, Cieszyn, 5-7. 09.2001
27. K. Kubica, Should the model research of lipid membranes take into account a dipole
character of lipid polar heads? Biophysics and Biology of Environmrntally Important
Membrane-Active Compounds 2001, Wrocław
28. K. Kubica, The role of the lipid polar part in ripple phase formation. Cellular
&Molecular Biology Letters 7/2, p. 290 (2002). 9. Liposomes. From Models to
Applications, 2002 Piechowice
29. K. Kubica, Computer studies on fluorescein-PE interaction with the lipid bilayer.
Cellular and Molecular Biology Letters 7, Supplement 2002, str. 202, VIII
Ogólnopolska Konferencja Biologii Komórki, Wrocław 2002
30. K. Kubica, Analiza oddziaływania Fluoresceiny-PE z błoną lipidową. Materiały
Konferencyjne, II Krajowy Kongres Biotechnologii, Łódź, 23-27.06.2003 str113
31. K. Kubica, Magnetic centrifuge. XXIXth International Symposium on PhysicoChemical Methods of the Mictures Separation “Ars Separatoria 2004”.p.213
32. K. Kubica, M. Kotulska, Monte Carlo study on the energetic state of lipid membrane
in electric field, European Biophysics Journal with Biophysics Letters 34, P-471
(2005) XIVth International Biophysics Congress, 27.08.05-1.09.2005, Montpellier
33. D.Herman, H.Misiak Diagnosis of Spherocythosis based on detection of disorders in
transmembrane Cl- ion transport in human red cells” Oficyna Wydawnicza PWr Seria:
Konferencje – 2nd STUDENTS’ SCIENTIFIC CONFERENCE OF BIOMEDICAL
ENGINEERING (Szklarska Poręba, 20-23kwiecień 2006r.) 19-20
34. D.Herman, H.Misiak “Rozpoznanie Sferocytozy na podstawie zaburzonego transportu
jonów Cl- w erytrocytach” Oficyna Wydawnicza PWr Seria: Konferencje Referaty
Tom 1 – IV Konferencja Naukowa Studentów (Wrocław, 22-24 czerwiec 2006r.) 509515
35. H.Misiak ”Fuzja liposomów badana Főrsterowskim przeniesieniem energii” –
V Ogólnopolskiej Sesji Kół Naukowych Fizyków na Uniwersytecie Wrocławskim
(Wrocław 17-19 listopad 2006r.) 291-296
36. H.Misiak ”Fuzja liposomów badana Főrsterowskim przeniesieniem energii” V
Konferencję Naukową Studentów 2007 21-23.05.2007 V Konferencja Naukowa
Studentów (Wrocław, 21-23 maj 2007r.), 26-28
37. A. Wrona, “Analiza parametrów strukturalnych tkanki kostnej gabczastej”, V
Konferencja Naukowa Studentów, Wrocław 2007
38. H.Misiak „Fusion of Liposomes detected with Fluorescence Method (FRET)”
International Conference of Phisics Students ICPS 2007 Londyn 47-48 - abstrakt
39. K. Kubica, M.Kotulska, From playing blocks to membrane pore modeling,Eur.
Biophys. J. (2007) 36 (Suppl):S51-S248, P-99 XVth International Biophysics
Congress, 14-18.07.2007, Londyn,
40. H.Misiak „Badania oddziaływań amyloidu β (1-40) z błonami lipidowymi” –
(konferencja Błony Biologiczne 16-18.05.2008 Szklarska Poręba)
41. A. Wrona, “Analiza I weryfikacja beleczkowych modeli tkanki kostnej”, VI
Konferencja Naukow Studentów, Wrocław 2008
42. K. Kubica, Computer simulation on the induction step in electroporation 6th European
Symposium on Biomedical Engineering, 19-21.07. 2008, Chania, Grecja
43. H.Misiak „Igły nie będą potrzebne – nadzieje pokładane w elektroporacji” – (VII
Ogólnopolskiej Konferencji Kół Naukowych Fizyków "Piknik Naukowy 2008" (24-27
kwietnia 2008 Brenna)
44. A. Nikodem, R. Będziński, A. Wrona, Sz. Dragan, Z. Dobrzański, “Wpływ zawartości
fosforu I wapnia na właściwości mechaniczne tkanki kostnej”, I Sympozjum
Współczesna myśl techniczna w naukach medycznych I biologicznych, Wrocław 2010
45. K. Kubica, A. Wrona, O. Hrydziuszko, Estimation of a membrane pore size based on
the law of conservation of mass. Eu. Biophys. J. With Biophysics Letters (2011) 40
(Suppl.1) p. S79
46. A.Wrona, “Modelowanie tkanki kostnej”, V Kopernikańskie Seminarium
Doktoranckie, Toruń 2011
47. O.Hrydziuszko, K.Kubica, Effect of extremely high dietary cholesterol intake on
serum cholesterol levels: a case study. J. Physiology and Pharmacology, 62 (Suppl.1)
2011, p. 107
Zgłoszenia patentowe
1. A1 (21)360378, „Wirówka” BUP 23(780) 2003; patent Nr P. 360378 (2007)
2. A1 (21)373441, „Wirówka” BUP 17(826) 2005; patent Nr P. 373441 (2009)
3. P 385631, „Pompa perystaltyczna” 2008
4. P387512 (2009), „Sonda do bezkontaktowego pomiaru intensywności
fluorescencji”, 2009
5. P38068 (2009), „Sposób regulacji indukcji pola magnetycznego i układ
magnetyczny, zwłaszcza dla elektronowego spektrometru rezonansu
paramagnetycznego”
6. P38069 (2009), „Sposób regulacji indukcji pola magnetycznego i układ
magnetyczny, zwłaszcza dla elektronowego spektrometru rezonansu
paramagnetycznego”
7. P388539 (2009), „Nóż z uchwytem dla struga elektrycznego”
8. P394524 (2011), „Aplikator”
Udział w projektach badawczych:
1. Grant nr. KBN 6P04G4313 „Symulacja komputerowa metodą Monte Carlo procesów
modyfikacji błon lipidowych wybranymi związkami biologicznie aktywnymi”.
2. KBN 6P04G04313 „Działanie związków organicznych cyny i ołowiu na błony oraz
zapobieganie toksycznym wpływom tych związków”.
3. PBZ-KBN
004/PO4/1998/05
„Wykorzystanie
antygenów
towarzyszących
nowotworom:
sjalo-Lewisa
i
CEA
jako
celów
genowej
terapii
przeciwnowotworowej”.
4. 311/GW/98 „Pomiar stężenia związków biologicznie aktywnych na powierzchni błon
biologicznych” Projekt Międzywydziałowy Uniwersytetu Przyrodniczego we
Wrocławiu.
5. nr 201/06 „Modele do bioinżynieryjnych badań motoryki przewodu pokarmowego”.
6. CIB nr 332017- kontynuacja projektu: „Modele do bioinżynieryjnych badań motoryki
przewodu pokarmowego”
Nagrody:
1. H.Misiak Best paper award on 2nd STUDENTS’ SCIENTIFIC CONFERENCE OF
BIOMEDICAL ENGINEERING BIOyoung (Szklarska Poręba, 20-23kwiecień 2006)
Staże i szkolenia:
1. H.Misiak - 2006 Staż w Laboratorium Dr Jerzego Gubernatora w Zakładzie Lipidów
i Liposomów na Uniwersytecie Wrocławskim (opracowanie supramolekularnej
postaci leków naskórnych).
2. H.Misiak lipiec 2006 staż w Laboratorium Doc Dr Martina Hofa w Instytucie Chemii
Fizycznej im J. Heyrovsky’ego w Czeskiej Akademii Nauk w Pradze i dotyczył badań
nad zjawiskiem fuzji z użyciem metod fluorescencyjnych takich jak FRET oraz
gaszenie fluorescencji.
3. H.Misiak luty-czerwiec 2007 staż naukowy w Laboratorium Doc Gerharda Gröbnera
w Zakładzie Chemii Biofizycznej na Wydziale Chemii na Uniwersytecie w Umeå
w Szwecji. Staż ten obejmuje badanie interakcji dwuwarstwy lipidowej z białkiem
(Aβ1-40 charakterystycznym w Chorobie Alzheimera) oraz poznanie technik
pomiarowych takich jak CD (Circular Dichroism), ICT (Isothermal Titration
Kalorymetry), DSC (Differential Scanning Kalorymetry) oraz NMR (NMR
spectroscopy).1
4. H.Misiak 5-16 listopad 2007 PAN Kraków szkolenie z zakresu określania potencjału
Zeta cząstek oraz pomiaru rozmiaru cząstek metodą dynamicznego rozpraszania
światła
5. A. Wrona – 2010 Staż w Laboratorio di Tecnologia w Instituto Ortopedico Rizzoli w
Bolonii. Dotyczył badań nad wyznaczaniem podstawowych właściwości
mechanicznych tkanki kostnej zbitej.